Flanigan出生在
加利福尼亚州的洛杉矶，本名Joseph Dunnigan III。他自己说他父亲在他出生后不久便 离开了母亲和自己，而后母亲改嫁，所以他也改成继父的姓。Flanigan 有三个兄弟和四个姐妹。在他六岁的时候，全家搬到内达华州的小城雷诺的一个小农场。十四岁时，Flanigan开始在加利福尼亚州的奥哈依上寄宿学校，那时他出演了戏剧A Streetcar Named Desire。后来他拿到了州立科罗拉多大学的历史学位，在大学时他出演了戏剧Coriolanus。在一个朋友的建议下，他才开始自己的演艺生涯，希望以此克服自己害羞的缺点，但他一开始并不打算将演戏作为自己的职业追求。
由于Junior Year Abroad program(大三出国交流项目)，Flanigan去到了法国巴黎的索邦大学学习。在
法国的一年里他学会了
法语。
Flanigan毕业之后开始了自己的写作生涯。他一开始在
华盛顿哥伦比亚特区的Capitol Hill的工作，而后短暂地供职于
纽约的 几家杂志出版社，其中包括Town \u0026 Country 和Interview 。在朋友的建议下，他开始在社区剧院学校(
Neighborhood Playhouse School)学习演戏，那时教他的教练是Gerald Gordon。1994年，Flanigan搬回
洛杉矶，开始了他的演艺事业。
Flanigan客串了很多的电视剧，包括profiler，First Monday，和 Sisters 等等，直到他接到星际之门：亚特兰蒂斯里面的John Sheppard一角。亚特兰蒂斯主要在
加拿大的
温哥华拍摄，为了配合工作，他工作日时在温哥华居住，一到周末便飞回洛杉矶和家人团聚。他个人还参与了
亚特兰蒂斯的剧本创作。
据媒体报道，在2007年的九月人才中介机构UTA对Flanigan提起诉讼，声称Flanig an欠其99225美元的佣金。Flanigan的经纪人John Carrabino 对于这起诉讼的回应是：“我没想到他们会这么做。这是我第一次听到这类事情。”UTA对”刀锋战士“Wesley Snipes也曾有过类似的诉讼，后者也表示对此十分吃惊。在2008年12月，这起事件尘埃落定。
Flanigan的妻子是Katherine Kousi，后者是一名演员和钢琴演奏家。他们在1996年注册结婚，两人生有三个 儿子Aidan, Truman 和 Fergus。Flanigan及其家人家人现居马里布，
雷诺，
内华达州。
Flanigan 曾在2006年一月参加 Waterkeepers联盟举办的阿莱恩斯下坡滑雪比赛，并拿到两个奖项。出演星际之门：SG-1的
理察·安德森也参加了该比赛。
Flanigan 和一同出演星际之门：亚特兰蒂斯的Jason Momoa是很好的朋友，Jason Momoa曾多次在采访时提到他们的友谊。在
温哥华拍摄时两人经常一起住。拍摄结束期间，两人分住在马里布，他们经常一起去冲浪。他和同剧组的 David Hewlett也是很要好的朋友。巧合的是，他和在
亚特兰蒂斯中扮演 Beckett 医生的 Paul McGillion同一天生日。
2014年初，他们宣布分居。弗拉尼甘及其家人曾居住在
马利布、
雷诺和
内华达州。他在2006年1月参加了Waterkeepers联盟举办的阿莱恩斯下坡滑雪比赛并获奖。他与《
星际之门之亚特兰蒂斯第五季》的同事Jason Momoa和David Hewlett保持着深厚的友谊。2018年11月10日，他在马里布租住的房屋不幸在Woolsey大火中被烧毁。