元恒芝（5世纪—528年5月17日），原名恒，字景安，河南郡洛阳县（今洛阳市东）人，追尊魏景穆帝拓跋晃之孙，侍中、征南大将军、开府仪同三司、青州市刺史、京兆宋康王拓跋子推之子，北魏宗室、官员。

粗涉文史，历任太常卿、卫大将军、仪同三司、侍中、中书监。元子攸建义元年，遇害于河阴之变，追赠太傅、司徒公，谥号宣穆公。

元恒芝粗略阅读经书和史书，以《春秋》的义理，起名不以山川字眼，上奏请求改名为恒芝，历任位太常卿、中书监、侍中。

正始三年（506年），南梁辅国将军萧及率领两万军队攻克固城，冠军将军鲁显文、骁骑将军相文玉和恒和等人率领一万军队驻扎在孤山。将军角念率领一万军队，扰乱龟蒙，当地的百姓跟随南梁叛变的有一半。北魏安东将军邢峦派遣统军樊鲁讨伐相文玉，别将元恒芝进攻固城，统军毕祖朽讨伐角念。

八月壬寅（506年9月12日），樊鲁在孤山击败南梁将军桓和，斩首四千多，元恒芝攻克固城，毕祖朽将角念赶走，北魏的兖州区全部平定。

普通六年（525年），车骑将军元恒芝奉命带兵征讨，散骑常侍兼尚书常景接收诏令前往宣读旨意慰劳元恒芝。

孝昌二年六月丙子（526年7月3日），卫大将军、西道都督元恒芝加号车骑大将军、仪同三司。

孝昌三年（527年）正月，北魏由于兵将疲惫，萧宝夤和元恒芝在泾州大败。元恒芝从渭河以北东渡黄河，杨椿派遣使者追赶元恒芝，没能追上。

建义元年四月庚子（528年5月17日），仪同三司元恒芝在河阴之变中遇害，朝廷赠予太傅、司徒公，谥号宣穆公。