中国农业科学院甘蔗研究中心成立于2006年11月，是中国农业科学院与广西农业科学院共建科研机构，它是以广西农业科学院甘蔗研究所为基础，整合广西农科院作物遗传改良生物技术重点开放实验室、土壤肥料研究所和植物保护研究所等有关研究所室的各种人才、设备设施、信息和生物资源，共同构建成甘蔗遗传育种、甘蔗栽培及生理、甘蔗植保、土壤肥料、甘蔗生物技术等方向的研究中心。

现有专业技术人员173人，其中研究员15人、副研究员47人、具有博士学位28人、具有硕士学位39人。

设置学科有甘蔗遗传育种学、分子生物学、栽培学、土壤营养化学和植物保护等学科。

本中心实验室面积达13377平方米，试验农场面积达100公顷，配备有脱氧核糖核酸分析测序仪、蛋白质双向电泳系统、多功能成像仪等一大批先进的仪器设备。

本中心与美国、澳大利亚、巴西、印度、古巴、泰国、尼日利亚、缅甸等10多个世界蔗糖主要生产国家建立密切的科研交流合作关系，与多个国家进行了互访考察和学术交流，并开展了广泛的合作研究。

展望未来，中心将扩大与国内同行研究中心、国际著名科研院所及标准化组织的合作，逐步建成一个开放性、国际性的农业研究实验室，为促进甘蔗产业的可持续性发展提供技术支撑。