该动画讲述了小学三年级女生
高町奈叶为了帮助年轻的魔法师尤诺·斯克莱亚收集21件名为“宝石种子”的圣石之种而成为
魔法少女的故事。
该动画共4季，第1季《魔法少女奈叶》于2004年10月1日首播，共13集。第2季《
魔法少女奈叶A's》于2005年10月1日首播，共13集。第3季《
魔法少女奈叶StrikerS》于2007年4月1日首播，共26集。第4季《魔法少女奈叶ViVid》于2015年4月首播，共12集。第4季外传《魔法少女奈叶ViVid Strike！》于2016年10月1日首播，共12集。此外，该动画还衍生出剧场版、OVA、轻小说等作品。
高町奈叶（
田村由香里 配音）是一名普通的高中三年级学生。一天，在上学的路上，她与来自异世界米德其路达的尤诺（
水桥香织配音）相遇。尤诺告诉奈叶，她正在寻找失落在人间的太古遗产“圣石之种”，这个珍贵的宝物蕴含着巨大的能量，如果被忽视可能会在人间造成巨大的破坏。经历一系列波折后，奈叶成为了帮助尤诺回收种子的
魔法少女，开始了一段充满危险和刺激的奇幻旅程。某天，
金发少女菲特（
水树奈奈配音）出现在奈叶面前，她也是回收种子的魔法少女，也就是说，她们是竞争对手。
在上一次事件结束后，
高町奈叶与结下深厚友谊的菲特告别，重新回到平静的日常生活中，并接受魔力训练，以准备应对可能的敌人袭击。然而，某天，一个神秘的魔法
结界出现在海鸣市上空，引起了奈叶的注意。奈叶被红发魔法少女
维塔（
真田麻美配音）袭击，令她惊讶的是，维塔竟然轻松破坏了奈叶坚固的防御。幸运的是，菲特及时赶到，使奈叶幸免于难。维塔的出现暗示着一场阴谋正在秘密展开。
故事发生在“闇之书事件”（魔法少女奈叶A's）的10年后。
高町奈叶、菲特·泰斯特罗莎·哈拉温和
八神疾风（
植田佳奈配音）三人，怀着深厚的友情，为了追求各自的梦想加入了时空管理局，并以一流的魔导师身份活跃。在这过程中，出现了一种新的太古遗产“圣遗晶石”，以及与之相关的谜样机械兵器“共鸣拓发者”。为了迅速应对将来被称为“圣遗晶石事件”的情况，八神疾风认为有必要设立一个专门处理与太古遗产相关任务的特殊部队——“机动六课”。
另一方面，故事回溯到四年前，当
昴·中岛（
斋藤千和配音）在机场火灾中几乎丧命时，
高町奈叶的出现救了他。由于对奈叶的憧憬，在那个夜晚决定成为管理局的魔导师。四年后，昴成功成为管理局的新进魔导师，与训练校时代的伙伴
蒂安娜·兰斯达（
中原麻衣配音）一起挑战魔导师的升格试验。疾风、菲特和奈叶等人注视着两人的考试，这标志着“StrikerS”故事的开始，而ReinForce II（统御之力zwei）的声音宣告了试验的开始。
以奈叶收养的女孩薇薇欧（
水桥香织配音）为主人公，讲述了“JS事件”之后，奈叶暂时休息，而正在
格雷魔法学校初等科学习的薇薇欧，在掌握了魔法基本知识后，得到了奈叶和菲特赠送的专用法器“神圣之心”。与此同时，自称为“霸王”的神秘人物正准备掀起新的波澜。
《魔法少女奈叶》是由2001年出品的十八禁游戏《三角心3 莉莉卡露玩具箱》上的14话小型剧上改编而来的电视动画。在制作动画时担任原作与剧本的
都筑真纪亲自重新整理故事，更换全部配音员。
该系列对于迎合粉丝的彻底投入在其全面性上令人印象深刻。甚至其制作都深受御宅文化的影响（它是基于一款电脑游戏的成人系列的衍生作品），其动画制作更是面向狂热粉丝。新房的使用多位动画导演使得每一集都有独特的外观，一集涉及扭曲的动作，下一集则专注于娜
莉莎极其详细的肢体语言，这些差异是故意微妙的，这使得该系列能够保持一定的风格连贯性，同时也将非狂热粉丝排除在每位动画导演风格怪癖的发现之外。视觉引用同样保持着微妙的风格，比如最终决战中模仿《
新世纪福音战士》的静态风格以及高对比的红黑色构图。产生的外观可能不够均匀，但无可否认地吸引人。（Carl Kimlinger评）
在第一部系列取得成功之后，《
魔法少女奈叶A's》以大多数
续集的方式对原作进行了扩展：更多角色、更多曲折情节和更多宏伟场面。当然，该系列在这些方面取得了成功，引入了一个令人惊讶的新反派与
高町奈叶对抗，为冲突增添了强烈的同情元素，并以一场史诗般的战斗结束，竟然需要四集才能完成。然而，该系列受到了这个类型（以及动画制作公司）的限制，使其无法真正打破常规；相反，观众得到的是一剂雄心勃勃的动作冒险，但仍然受到错综复杂的情节、廉价的视觉效果以及太多疯狂攻击和难以追踪的科幻魔法概念的困扰。它距离伟大如此之近，但却未能达到那个水平。就差一点。（Carlo
santos评）