保密局的前身是国民政府军事委员会调查统计局（简称：军统），1946年6月，军统的公开武装特务部分划归国防部第二厅，秘密核心部分改组为国防部保密局，是中国国民党设立的特务组织。

国防部保密局的前身是国民政府军事委员会调查统计局（简称：军统），1938年8月成立。前身是军事委员会密查组（1927年建）、复兴社特务处（1932年4月建）、军事委员会调查统计局第二处（1937年建）。

1946年10月，军统局改组为保密局，郑介民被任命为国防部第二厅厅长兼保密局局长，毛人凤为副局长。郑介民被陷害撤销了保密局局长之职，改由毛人凤担任。

1949年，军统主要机构撤至台湾。

“军统”，全称为“国民政府军事委员会调查统计局”。其前身为蒋介石于1928年创立的“蓝衣社”（一说为1932年）。1934年4月，蒋介石将南昌行营调查科与蓝衣社特务处合并，成立军事委员会特务处，由戴笠（黄埔6期）任处长。1937年4月，蒋介石重组特务机关，以加强搜集共产党人情报，组成“国民政府军事委员会调查统计局”，由中央党部秘书长陈立夫兼任局长。“军统局”内设两处，第1处负责党务调查（即后来‘国民党中央执行委员会调查统计局’的前身），由徐恩曾（黄埔4期）任处长；第2处为特务处，戴笠担任处长。1938年9月，第2处另立门户，升格为“国民政府军事委员会调查统计局”，仍由戴笠一手掌管，内设军事情报处、党政情报处、电讯情报处、警务处、惩戒处、训练和策反处、特种及心理作战处、特种技术研究应用处。

“军统”在其最鼎盛的时期，拥有特工以及各类准军事的交通警察大队共约10.2万人，装备精良，训练有素。势力渗透至党政、军事、教育、文化、警务各个层面。在整个第二次世界大战中，军统一直是世界上规模最大，效率最高同时也是电讯破译技术最先进的情报机关。而那时，CIA前身美国战略情报署（OSS）不过才刚刚起步而已。不过，军统的主要工作方向不是对外保卫国家安全，而是对内剿共和镇压异己，这使得该组织堕落为对内实行白色恐怖的特务机关。

抗战中，军统特工在抗日战争时期深入沦陷区，制造针对日军的恐怖活动，而隶属军统的各个“游击司令部”和“交通警察大队”则深入日寇占领区开展广泛的游击战，对打击日寇和汉奸，起了一定的作用。但是，他们将更多的精力放在破坏中国共产党领导的敌后根据地，破坏抗日统一战线，削弱共产党的影响力等方面，这使得其在抗日中没能成为可靠的打击敌人的力量，反而时常成为内部的破坏者。有时，很多军统的外围组织还有意地配合日寇对人民抗日力量的绞杀，成为抗日统一战线的内部蛀虫。

1938年，日军占领上海后，为稳定局面，有意拉拢有影响的中国上层人物出面组织所谓的“临时政府”。经过一番斟酌后，日本人选中民国初年担任过内阁总理的唐绍仪。唐经反复考虑后接受了日本人的邀请，晚节不保。蒋介石知道此事后，怒不可遏，着令军统“剪除附逆”。

1938年，就在唐绍仪接受邀请出面组织“政府”后三个月，潜入上海的军统“敌占区行动组”便用斧头结果了他。

在随后的时间里，军统先后策划了对殷汝耕（组织‘华北自治政府’的大汉奸）、季云卿（上海青帮‘通’字辈大佬，汪伪‘76号’后台老板）、汪精卫、周佛海等大汉奸的刺杀行动。尽管这些行动并未完全成功，但无疑有效地震慑了投敌叛变人员。1945年8月，日本裕仁天皇决定接受波茨坦公告，颁布投降诏书，时任国民党总裁、国民政府主席、中国战区最高统帅的蒋中正知道这个消息比美国杜鲁门要早四个小时，这完全有赖于军统情报人员的竭诚努力和非凡的贡献。