数量性状基因座（英语：Quantitative trait locus，简称为QTLs）是一段含主控或联系数量性状的基因的脱氧核糖核酸。它们控制数量性状的基因在基因组中的特定位置，与连续变化的数量性状表型有密切关系。常利用DNA分子标记技术如AFLP或更常见的SNP等分子标签对这些区域进行定位，这是对主控性状变异的实际基因进行鉴定与测序的先行步骤。数量性状指的是那些可区分程度的表型（特征），这些性状起因于多基因效应（即由两个及以上的基因共同控制）及环境的共同作用。

表达数量性状基因座（expression Quantitative Trait Loci,eQTL）是对上述概念的进一步深化，它指的是染色体上一些能特定调控mRNA和蛋白质表达水平的区域，其mRNA/蛋白质的表达水平量与数量性状成比例关系。eQTL可分为顺式作用eQTL和反式作用eQTL，顺式作用eQTL就是某个基因的eQTL定位到该基因所在的基因组区域，表明可能是该基因本身的差别引起的mRNA水平变化；反式作用eQTL是指某个基因的eQTL定位到其他基因组区域，表明其他基因的差别控制该基因mRNA水平的差异。例如，水稻eQTL(表达数量性状基因座)SKC1基因的位点变异是水稻耐盐的主要基础之一，而且证实了关键基因的位点变异可能会在盐胁迫环境下增加产量的稳定性。通过对QTLs的研究，可以更深入地理解基因与表型之间的复杂关系，为作物改良和遗传病的研究提供重要的分子基础。