嘉靖十五年(1536)太庙灾,应诏陈六事,十六年又陈五事,皆切时弊。旋丁忧归里。后入京城,赴补
礼部给事中、晋吏科都给事中。时,
严嵩父子擅权乱政,百官依阿,尹相独不齿,正色而立,严嵩阴恨之。会刑部贞外郎
杨继盛劾严嵩十大罪,被下召狱。
御史何维柏疏论严嵩,严嵩疑是尹相指使,教人收买尹相,令其不报,尹相拒其请,严嵩痛恨,乃诬奏尹相与何维以党护党,皇帝
朱厚熜沼逮下狱,廷杖八十,尹相洒然无怨色。在狱中,杨继盛对尹相道:“蒙难正志,尹子差不多!”两月后,尹相被削职释归。尹相一驴一仆就道抵家,笠躬耕,屡荐不起。