巡抚又名巡抚都御史。明代开始，专设巡抚为地方最高长官，清代正式以巡抚为省级地方政府长官，总揽一省民政、军事、吏治、刑狱等，和总督一样直接向朝廷汇报。辛亥革命后废巡抚职务，改称都督。

置应天巡抚，驻苏州市，管辖南直隶（即江苏省（含今上海市）和安徽全境）之下江南诸府及江北安庆府，归南直隶管辖。

清初改南直隶为江南省。

康熙帝六年（1667年）由于江南省规模和实力过大，分设江南江苏省和江南安徽省，前者之名取自当时全省最大的两个府城“江宁府”的“江”和“苏州府”的“苏”，是为江苏命名之始。后逐渐简称江苏省和安徽省（名自“安庆府”与“徽州府”）。

江苏省（巡抚衙门驻苏州）下辖苏州府、江宁府（今南京）、淮安府（包括盐城市）、扬州府（包括泰州市）、徐州府（包括宿迁市）、常州府（包括无锡）、镇江府、松江府(今上海市）、海门直隶厅（今南通海门区）、太仓州（今苏州太仓市）、通州（原通州府降为直隶州）、海州（今连云港市）。辛亥革命后废巡抚，两江总督府驻地：南京，管辖江苏省、江西省、安徽三省。

江苏巡抚衙门旧址位于今苏州市沧浪区书院巷20号，1982年年被列为苏州市文物保护单位，现由苏州卫生职业技术学院保护管理。本着修旧如旧的原则，2005年7月苏州市人民政府对江苏巡抚衙门旧址进行了保护性抢修。

江苏巡抚衙门旧址原为鹤山书院所在地，明代永乐年间改为衙署。自明宣德设巡抚到清末，480余年间曾有不少名臣治事其中，诸如周忱、海瑞、汤斌、梁章钜、张伯行、林则徐等。林则徐在任前后达五年之久，政绩卓著，深受人民爱戴。末任巡抚程德全受革命力量推动，在此宣布江苏独立，脱离清廷，对促使清政府瓦解也起了一定作用。

巡抚衙门原来规模甚大，现存清同治五年（1866年）重建的大门、仪门、后堂、后楼等建筑，原主体建筑大堂已于1980年被拆毁。大门为硬山顶，面阔五间23米，进深10米。

康熙分江南省设为江苏省和安徽省后，江苏巡抚驻扎在苏州市，安徽巡抚驻扎在安庆市，在南京则设有节制江苏、安徽、江西省三省的两江总督。江苏、安徽两省的乡试，则始终共用江南贡院（在南京）。1760年以前，管理安徽民政的安徽布政使也长期寄驻在南京，1760年安徽布政使迁往安庆以后，在南京另设江宁区布政使一职，管理江宁（南京）、扬州市、淮安区、徐州市4府和通、海2直隶州；驻扎苏州的江苏布政使则管辖苏州、松江、常州、镇江市四府和太仓州。江苏学政驻扎在江阴；在淮安府城驻扎有漕运总督，府城西北15千米处的清江浦区（今淮安市主城区）则驻扎有南河总督（江南河道总督）；两淮盐运使驻扎在扬州。

清代江苏省在沿海地区增设了3个直隶州：太仓州、南通州和海州区，并将徐州由直隶州升为府。由于人口大量增加，江苏南部许多县都一分为二，造成许多2个县共用1个县城的情况（民国以后消失），苏州市城内甚至同时有3个县的县衙：吴中区、长洲县和元和县，创全国最高纪录。

1840年代，江苏开始受到西方的影响，江苏松江原来一个不知名的小城上海市被辟为通商口岸，并设立上海公共租界和上海法租界，迅速发展成贸易、金融和国际化的大都会，后来于1927年脱离江苏省成为独立的院辖市。镇江市和苏州也设立过规模较小的租界。晚清时期，江苏南部还曾发生过太平天国起义(1851年–1864年，发源于广西壮族自治区，1853年定都南京，改名天京，强烈影响达十余年之久。

土国宾（1645年—1647年）

周伯达（1647年—1648年）

土国宾（1648年—1651年）

周国佐（1651年—1654年）

张中元（1654年—1659年）

蒋国柱（1659年）

朱国治（1660年—1661年）

韩世琦（1661年—1669年）

玛祜（1669年—1676年）

慕天颜（1676年—1681年）

余国柱（1681年—1684年）

王新命（1684年）

汤斌（1684年—1686年）

赵士麟（1686年—1687年）

田雯（1687年—1688年）

洪之杰（1688年—1690年）

郑端（1690年—1692年）

宋荦（1692年—1705年）

于准（1705年—1709年）

张伯行（1709年—1715年）

吴存礼（1715年—1723年）

何天培（1723年—1725年）

张楷（1725年—1726年）

陈时夏（1726年—1728年）

张坦麟（1728年）

章佳·尹继善（1728年—1729年）

王玑（1729年）

彭维新（1729年—1731年）

王国栋（1731年）

乔世臣（1731年—1733年）

高其倬（1733年—1736年）

邵基（1736年—1737年）

杨永斌（1737年—1738年）

许容（1738年—1739年）

张渠（1739年—1740年）

徐士林（1740年—1741年）

陈大受（1741年—1746年）

安宁（1746年—1748年）

西林觉罗·鄂昌（1748年）

爱新觉罗·雅尔哈善（1748年—1750年）

王师（1750年—1751年）

庄有恭（1751年—1756年）

爱必达（1756年—1757年）

陈宏谋（1757年）

托恩多（1757年—1758年）

庄有恭（1758年）

陈宏谋（1758年—1762年）

庄有恭（1762年—1765年）

明德（1765年—1768年）

彰宝（1768年—1769年）

明德（1769年）

永德（1769年—1770年）

萨载（1770年—1776年）

杨魁（1776年—1780年）

吴坛（1780年）

闵鹗元（1780年—1790年）

福嵩（1790年）

长麟（1790年—1792年）

奇丰额（1792年—1795年）

费淳（1795年—1797年）

康基田（1797年）

费淳（1797年—1799年）

宜兴（1799年）

岳起（1799年—1803年）

汪志伊（1803年—1806年）

汪日章（1806年—1809年）

蒋攸铦（1809年）

章煦（1809年—1812年）

朱理（1812年—1814年）

张师诚（1814年—1816年）

胡克家（1816年）

李尧栋（1816年）

陈桂生（1816年—1820年）

魏元煜（1820年—1822年）

韩文绮（1822年—1824年）

张师诚（1824年—1825年）

陶澍（1825年—1830年）

卢坤（1830年）

程祖洛（1830年—1832年）

林则徐（1832年—年）

陈銮（1837年—年）

裕谦（1839年—1841年）

梁章钜（1841年）

程矞采（1841年—1842年）

孙善宝（1842年—1845年）

李星沅（1845年—1846年）

陆建瀛（1846年—1849年）

傅绳勋（1849年—1851年）

杨文定（1851年—1853年）

许乃钊（1853年—1854年）

奇他拉吉尔杭阿（1854年—1856年）

赵德辙（1856年—1858年）

徐有壬（1858年—1860年）

薛焕（1860年—1862年）

李鸿章（1862年—1867年）

郭柏荫（1867年）

李瀚章（1867年）

丁日昌（1867年—1870年）

张之万（1870年—1871年）

何璟（1871年—1873年）

张树声（1873年—1874年）

吴元炳（1874年—1881年）

黎培敬（1881年）

卫荣光（1881年—1886年）

嵩骏（1886年—1888年）

刚毅（1888年—1892年）

奎俊（1892年—1895年）

赵舒翘（1895年—1897年）

奎俊（1897年—1898年）

德寿（1898年—1899年）

鹿传霖（1899年—1900年）

松寿（1900年—1901年）

聂缉规（1901年）

恩寿（1901年—1904年）

托忒克·端方（1904年）

陆元鼎（1904年—1906年）

陈夔龙（1906年—1907年）

张曾扬（1907年）

陈启泰（1907年—1909年）

瑞澂（1909年）

宝（1909年—1910年）

程德全（1910年—1911年）