基亚岛地处希腊半岛东南方的海域，属于爱琴海的一部分。爱琴海位于希腊半岛和小亚细亚半岛之间，南北方向穿过地中海，东北方向则通过达达尼尔海峡、马尔马拉海、伊斯坦布尔海峡与黑海相通，最远可达克里特岛。爱琴海海岸线曲折，拥有多处海湾和港口，以及大约2,500个岛屿。这些岛屿可分为七大群岛，其中包括基克拉泽斯群岛等。基亚岛本身拥有长约37公里的海岸线，最高点埃波梅奥火山海拔达到788米。岛上景观多样，包括阳光明媚的海滩、陡峭的海岸线、静谧的山谷、茂密的森林、葡萄园和历史悠久的酒窖。

基亚岛属于典型的地中海气候，冬季温暖多雨，夏季炎热干燥且蒸发强烈。该地区的主导风向为北风，但在每年9月至次年5月期间，也会出现温和的西南风。

基亚岛周围的海洋环境中缺乏营养物质，因此生物种类较少。然而，由于海水清澈且温度适宜，吸引了大量鱼类前来繁殖。大多数岛屿地形崎岖，土壤贫瘠，北部岛屿通常比南部岛屿植被更为丰富。萨索斯岛周边地区发现了石油储量。