程田寺的历史可以追溯至五代后唐时期，当时高僧行端在此修行直至逝世，当地居民程国知捐献土地兴建寺庙以供祭祀，因此得名。宋代
天禧年间（1017—1021），朝廷赐予寺名匾额。
清代康熙，僧人三檀主持了寺院的重建工作，并随后进行了多次修缮。抗日战争期间，
大雄宝殿曾用作盐仓，而西厢房则创办了凤林慈儿院。1939年9月20日，后殿遭日军轰炸损毁，但大雄宝殿得以相对完好的保存下来。1958年，程田寺被改造成为农具厂，后来更名为
德化县陶瓷机械厂，原有的殿宇及附属建筑被改建为工厂设施，佛像也因此遭到破坏。