IPA(Ingenuity Pathway Analysis),是基于云计算的一体化生物通路分析软件。其在高度结构化的
生物信息学平台Ingenuity Knowledge Base支持下,一方面可以搜索基因、蛋白、药物等的各类相关信息,并构建相互作用模型;另一方面还可以分析来源于
基因组、micro-
核糖核酸、SNP、芯片、代谢组、蛋白组等的实验数据。
近年来,随着IPA软件的发展和完善,已经广泛地被生命科学研究学界接受,并且目前使用IPA处理数据发表的论文高达上万篇,如在疾病发病机理、癌症等方面。
应用介绍
安全无毒
TheInternationalPediatricAssociation(IPA)wasformedinParisin1910byagroupofEuropeanped
应用领域
基因组学转录组学
IPA可以用于应用于绝大多数基因、转录组的
生物学问题。
·探索性实验:寻找有意义的分子、功能或者作用机制
·疾病分类:多基因分型,找到区分不同亚型的关键分子
·毒理基因组学:结合转录组学和
毒理学,找到毒物作用的靶标
蛋白质组学
IPA可以对试验得到的蛋白质组数据进行相对较全面的分析,深入了解
蛋白质表达机制和相关
生物学过程。如
翻译后修饰;信号通路传递机制;蛋白相互作用;差异蛋白标志物筛选等。
microRNA研究
IPA软件中microRNA研究包括功能研究与调控筛选两部分。
·microRNA功能研究:找到现有的miRNA作用于疾病的方式
·microRNA-mRNA调控筛选:结合miRNA和mRNA数据,找到两者作用关系
代谢组学
IPA可以为代谢物研究提供关键的调控信息,进而更好的理解代谢组数据中从
细胞形态学到代谢作用机制的信息。如:代谢过程通路分析;寻找并可视化代谢物调控或合成过程等。
药物研究
通过药物对不同疾病组织的刺激结果的表谱分析,从而发现已知药物的新应用领域,包括网络
药理学药物重定位、中草药活性成分调控机制等。
生物标志物发现
IPA可以从试验数据集中识别最相关,最有潜力的候选生物标志物,具体如下:
·生物标志物进展筛选:筛选目标分子在各类疾病中的临川筛查的应用进展和应用类型
·生物标志物应用可行性预测:快速筛选相关分子在各器官、各组织中的表达情况和临床可检测情况
软件特点
准确性高
IPA软件中涵盖的数据、文献等均为
生物学领域的专家们从各大专业的杂志与期刊中人工摘取的。
及时性好
IPA软件中的数据库由500多名博士每周阅读文章并进行更新,这保证了其及时性。
易用性好
IPA软件是专为生物学家开发的,因此操作简单,易于使用。
分析全面
IPA软件数据分析基于IPKB整套分析工具。