中山大学医学博物馆是中国高校首家医学博物馆，于2004年11月11日揭幕开馆。她座落在广州市中山二路74号中山大学北校区(原中山医科大学)校园内一座建于1925年具有欧洲古典主义风格的三层建筑，该楼又称“小红楼”，建筑面积约350平方米，展厅面积300余平方米，馆藏实物、图片近3000件。

朝爱新觉罗·旻宁十五年即1835年，美国传教士、医生伯驾在广州创办了一个眼科医局，后来改为仁济医院。

1865年又改名博济医院，这是中国内地第一家西医院，也是中山大学附属孙逸仙纪念医院的前身。

1865年开始，博济医院开始招生培养西医，是中国最早的西医专科学校。1878年还开始招收女生。

孙中山1886-1887年在此学医。这些对中国有着重大影响的历史事件，全部都反映在博物馆历史陈列中。

上世纪20年代，中国医学博物馆本身就是文物建筑，人称“小红楼”，大批名师住过这里。直到博物馆落成前，这里仍是学校病理学系教学楼。

该馆以反映中山大学医科140多年来，开我国西医教育先河，创医学教育文明的历史沿革为线索，以名人、大师为亮点，以医学发展为主题，通过珍贵的实物、图片展示中山大学医科对岭南地区乃至国内外医学发展历史地位与重要贡献。

第一部分“杏林沧桑”(1866--1953)：主要展示创办于1866年（清同治五年）我国最早的西医学府博济医学堂、创办于1908年（清光绪三十四年）我国首家由中国人自办的西医学府广东光华医学堂、创办于1909年（清宣统元年）岭南地区最早期西医学府广东公医医学堂各自由清末的医学堂发展为医学院到新中国成立初期三校合并前的实物、图片。

第二部分“群星璀璨”(1953---1965)：主要展示新中国成立后三校合并成华南医学院到中山医学院至文化大革命前，我校以梁伯强、陈心陶等“八大教授”为代表的众多医学名家、大师在教学、科研、医疗上的学术成就与突出贡献。

第三部分“风正帆扬”(1966---现在)：主要展示文革后中山医学院发展成为中山医科大学，至本世纪初与中山大学合并组成新的中山大学，我校医学事业取得辉煌成绩、党和国家领导人的亲切关怀与殷切期望、海内外校友报效社会造福人类、社会贤达鼎力支持等方面的实物、图片。还展出了2003年我校抗非典烈士邓练贤、范信德生前使用过的物品和烈士证书等。

第四部分“柯麟院长纪念室”：主要陈列我国已故著名医学教育家、红色医生、中山医学院首任院长柯麟生前各历史时期的珍贵实物、照片、资料等。

第五部分“医学实验设备”陈列：主要展出我校师生员工曾经使用过的一些医学仪器设备，以及再现上世纪五六十年代我校医学科研实验室的场景混凝土搅拌车。

截至2020年5月，藏品数量3,000（件套）。

2020年5月13日，入选国家文物局2019年度全国博物馆名录。