近交系数（英语：系数 of 近亲繁殖 / inbreeding coefficient）是表示一个个体的近亲繁殖程度的数值，其定义为一个个体的两个同源基因与共同祖先的同一基因纯合的概率，通常计作f或F。近交系数是衡量子代的指标，但如果将其视为其亲代（夫妻）之间或任何两个个体之间的关系，则称为近亲系数或共亲系数（coefficient of kinship / coefficient of coancestry）。亲缘系数（系数 of relationship）是一个与之类似的遗传接近程度的概念，用r表示。亲缘系数r可以由近交系数F计算得出。

近交系数（inbreeding coefficient）是指根据近亲交配的世代数，将基因的纯化程度用百分数来表示即为近交系数，也指个体由于近交而造成异质基因减少时，同质基因或纯合子所占的百分比也叫近交系数。普通以F或f来表示。近交系数不考虑个体表达的性状，仅通过先验概率计算得出，也不考虑性染色体上的基因或隐性致死基因。

近交系数的概念最初由S.Wright(1921)提出时是作为结合的配子间遗传性的相关而赋予定义的，后来才由G.Malcot(1948)给予上述定义，现在已广泛应用这个定义。严格而言，当时其定义与现在的定义有所不同，当时的定义为结合的配子之间的遗传相关性。1948年，古斯塔夫·马莱科给出了当前版本的定义。

群体中个体的平均近交系数为f时，而群体中杂合子的频率要比按温伯-哈代定律预期的f的比率低。以人为例，近亲结婚所生子女的近交系数，表兄弟姐妹结婚的为1/16，半表兄弟姐妹结婚的为1/32，从表兄弟姐妹结婚的为1/64。

如等位基因a的频率为p，等位基因A的频率为q，则子代基因型AA频率为(1-f)*q^2+q*f，基因型aa频率为(1-f)*p^2+p*f，基因型Aa频率为(1-f)*2*p*q，其余以此类推。