1919年起，先后任北京政府中央防疫处助理技术员、技术员、技工、科长。1924年赴日本
东京大学传染病研究所进修。次年回国后，在中央防疫处工作。1926年参与创制牛痘苗毒种（
天坛株)的工作。1934年任蒙绥防疫处技正、代理处长。1939年任香港协和生物药品公司血清厂技师。1946年任国民政府卫生部生物药品实验处技正兼兰州生物药品实验厂厂长。1947年在兰州制成破伤风类毒素，并首次大量用于人体。1948年后，任卫生部生物制品研究所所长、二级主任技师，领导
血清生产。1957起领导用于
炭疽病预防治疗和诊断制剂的试制工作，试制成功人用干燥牛痘苗。
2020年，由中央广播电视总台华语环球节目中心与国家卫生健康委员会宣传司联合摄制的五集纪录片《战“疫”》，于3月30日起在中央电视台中文国际频道(CCTV-4)晚8点档首播。在中国疾病预防控制中心学术支持下，该片全面回顾了
鼠疫、天花、
疟疾、血吸虫病、
脊髓灰质炎这五种严重危害人类健康的疾病在中国的防治历程，展现
伍连德、齐长庆、
苏德隆、
顾方舟、
屠呦呦等人在防控传染病过程的杰出贡献。
齐长庆一生致力于生物制品事业，为保障人类健康做出了卓越贡献，在中国生物制品历史上留下了精彩的一章，其认真严谨、注重实践的科学态度也对后来科研人员的科研精神亦有着重要的影响，让我们永远怀念齐长庆先生。（中国动物保健 评）
“齐先生作为
中原地区生物制品科学的重要开拓者和奠基人，当之无愧。”（王龙友 评）