他是马占鳌的堂弟，马占奎自幼习武，膂力过人，在军事上屡建功勋，历任多个重要军职，包括
循化撒拉族自治县奇台堡守备、镇标前营都司、督标后营游击等。因功被赏戴花翎，并赐予二品
顶戴和“胜勇
巴图鲁”的称号。在
中日甲午战争期间，他奉调进京守卫；
八国联军进犯北京时，他随军扈从
慈禧、
光绪帝西逃，沿途忠心护驾，因此得到晋升。
辛亥革命后，他响应共和，首倡裁军，并在兰州镇守多年。马占奎于民国二十九年（1940年）去世，享年82岁，其墓碑现存于
临夏县政协院内。
马占奎，
回族英杰，自幼展现出非凡的武学天赋与过人膂力，于清光绪乙酉年（公元1885年）成功荣登武科
举人之列，自此步入仕途，初授官职为循化奇台堡守备，彰显其军事才能之卓越。
在其军旅生涯中，马占奎屡建奇功，历任要职，包括镇标前营都司、督标后营游击、城守营
参将及马营监游击等，因其杰出贡献，特被朝廷赏戴花翎，并赐予二品顶戴之殊荣，更获御赐“胜勇巴图鲁”之号，以表彰其勇猛善战、屡立战功之非凡功绩。
至民国元年（公元1912年）十二月，鉴于其长期以来的卓越表现与对国家的忠诚贡献，马占奎被正式加授陆军少将衔，成为当时军界备受尊敬的将领之一。其一生致力于国家之安定与民族之繁荣，其事迹与功勋永载史册。
光绪二十年（公元1894年），值
中日甲午战争之际，马占奎被朝廷紧急调遣至京城，担负守卫重任。
八国联军侵华战争时期，北京城陷，他随军护卫
慈禧与
光绪帝西逃，沿途忠心耿耿，竭力护驾，确保两宫安全无虞。待两宫返京后，因其护驾有功，特晋封为总兵，并加提督衔，以示嘉奖。
宣统三年（公元1911年），时局动荡，马占奎在
马安良部担任精锐营统领，以其卓越的军事才能与领导力，为稳定局势贡献良多。
辛亥革命的风暴席卷全国，他虽随
马安良部赴陕西州、
乾县等地与革命军交战，但随着清帝退位，马占奎深明大义，毅然撤回
兰州市，响应共和号召。
民国元年（公元1912年）三月，马占奎在兰州首倡裁军，积极倡导和平过渡与军队改革，他获得了
中将衔、二等
文虎勋章、二等
嘉禾勋章等荣誉，并担任
甘肃省督标中军副将，镇守兰州，维护地方安宁。
民国八年（公元1919年），时局再度陷入混乱，各派势力纷争不断。马占奎深感时局艰难，遂辞去军职，前往
麦加进行
朝觐之旅。归来后，他选择潜心研究经学，寻求内心的平静与智慧。
民国二十九年（公元1940年），马占奎因病逝世，享年八十二岁。为纪念其卓越贡献与不朽功勋，民国三十年（公元1941年），特在
临夏回族自治州西郊为其立碑，以资缅怀。