清华大学日本研究中心（英文：Research Center for Japanese Studies, Tsinghua University）成立于2009年4月10日，是
清华大学校属、跨院系的研究机构。旨在通过跨学科、文理融合的学术研究和注重产学研与社会效益并举的多层面交流，成为具有清华特色的日本研究机构和推动中日交流合作的基地，为中国的经济和社会发展服务，为各级政府提供政策咨询，以提高中日两国之间的合作交流水平，增进中日两国人民的相互理解。
2009年4月10日上午，清华大学日本研究中心成立大会在清华主楼接待厅举行。全国人大外事委员会主任委员、中国前外交部长李肇星，中国对外友好协会副会长、中日友好协会副会长
井顿泉，前中国驻
日本大使杨振亚，前文化部副部长
刘德有，前中国驻外大使王泰平等；
日本经济团体联合会会长、
佳能总裁
御手洗富士夫，日本驻华大使
宫本雄二，前日本
通商产业省事务次官福川伸次，日中友好会馆理事长村上立躬，
日中经济协会理事长清川佑二等；
清华大学校长
顾秉林、党委书记胡和平、副校长
谢维和等出席成立大会及当天活动。中日各界嘉宾160多人参加大会。
成立大会上，清华大学校长顾秉林院士，中国人民对外友好协会副会长、中国日本友好协会副会长
井顿泉，
日本经济团体联合会会长御手洗富士夫，日本驻华大使宫本雄二共同为清华大学日本研究中心揭牌。
旨在通过跨学科、文理融合的学术研究和注重产学研与社会效益并举的多层面交流，成为具有清华特色的日本研究机构和推动中日交流合作的基地，为中国的经济和社会发展服务，为各级政府提供政策咨询，以提高中日两国之间的合作交流水平，增进中日两国人民的相互理解。
将从当代国际视角出发，重点研究日本的社会历史、国际关系、文化教育、艺术传媒、科技产业、能源环境、经济金融、经营管理等方面，重点探讨日本现代化的进程及其经验教训，推动东亚地区的合作。同时根据中日关系发展的需要积极开展政策建议性研究。
清华大学日本研究中心开展开放式的、跨学科的、高水平的研究。积极同国内外著名大学和研究机构就重点课题开展中长期的研究合作，以联合立项的方式与中日企业开展共同研究；开发日本研究的新资源，探讨学术领域的大课题。
清华大学日本研究中心十分重视交流合作，大力开展各种层面和形式的交流活动。不定期召开小型专题研讨会和演讲会，举办各种国际学术论坛；设立“清华东亚讲堂”，邀请海内外著名专家学者来校演讲。
清华大学日本研究中心还积极开展多方位的人才培养和开发项目，为学生和研究者创造到海外学习和研修的机会，同时也接受外部研究人员等到清华大学研修学习。
积极开展与
日本各大学、企业、相关团体的交流与合作，学术性与现实性相结合，促成有实质性意义的具体项目，建设长期合作的共赢的伙伴关系。
2019年3月1日-14日，北京大学日本研究中心与清华大学日本研究中心在北京大学第二体育馆燕京学堂地下大厅，共同举办了“中日友好饮水思源系列展：
冈崎嘉平太与中日关系”。
2020年9月9日，清华大学日本研究中心与
辽宁大学日本研究所交流访谈，双方分别介绍了团队成员及研究方向与在研情况。
2020年9月28日，清华大学
日本研究中心主任
李廷江一行到
四川大学外国语学院调研，双方还围绕日本学术研究、中日文化交流、
四川省及
成都市文化对日传播、高校与地方政府“产学研”合作等课题进行了深入的讨论。