2019年1月4日和18日，动画总集篇电影《
来自深渊：启程的黎明》《来自深渊：放浪的黄昏》于
日本先后上映，续作电影《来自深渊 深沉灵魂的黎明》于2020年1月17日起在日本上映。2022年7月6日起，续作动画《来自深渊：烈日的黄金乡》在日本播出。
在围绕巨大洞穴“深渊”而建造的小镇上，一位在孤儿院生活的女孩莉可，愿望成为成为像母亲一样的深渊探窟家（白笛），前往母亲十年前前往的深渊底层。某天莉可发现一个疑似来自深渊深处的机器人，将他取名为雷格，雷格不知为何没有记忆。为了收留雷格，莉可与好友替雷格编造孤儿身世，使他加入孤儿院。
不久后，之前下潜深渊的黑笛探窟家哈勃返回，并带回歼灭卿莱莎的白笛与书信。在书信中莉可看到疑似关于雷格的介绍与一句留言“在奈落之底等待”，同时由于雷格想了解自己的来历，雷格和莉可在席奇等朋友的协助下潜入了深渊。
他们在深渊二层遭遇了泣尸鸟的袭击，莉可被抓走。所幸雷格觉醒，发射火葬炮后救回莉可，之后抵达监视基地。莉可见到驻守于监视基地的白笛“不动卿
奥森”后得知身世，两人被奥森测试后认为太过弱小，便对他们进行了培养默契的“生存训练”。训练完成后奥森将歼灭卿的武器、遗物"无尽锤"赠与莉可，最后两人继续下潜。
到了深渊四层之时，莉可受到穿弹兽攻击而中毒，为了逃离，雷格将莉可垂直往上带，造成莉可又受诅咒陷入
昏迷。此时生活在深渊第四层的
娜娜奇现身，协助治疗莉可并将其带回娜娜奇的基地。在基地遇到了娜娜奇的生骸朋友咪蒂。治疗莉可后娜娜奇告知两人深渊诅咒的运作状况，并引导雷格达成对穿弹兽的复仇战。在复仇战中娜娜奇得知雷格的武器“火葬炮”，并请求雷格杀死咪蒂。娜娜奇告知雷格自身与咪蒂的过往，叙述咪蒂因上升负荷实验而成为没有意识却死不了的怪物一事，唯有以高功率的武器一次性烧毁才不会复原。雷格杀死咪蒂后莉可清醒，邀请娜娜奇加入队伍后继续往下探险。
动画衍生广播剧《RADIO IN ABYSS〜莉可和娜娜琪的探窟广播〜》（ラジオインアビス 〜リコとナナチの探窟ラジオ〜）于2017年7月3日起在日本流媒体平台
Niconico动画发布，两周公布一集，共九集。主持人为
富田美忧和
井泽诗织。
2017年6月18日，在角川电影院新宿会场举行声优脱口秀和动画第一集先行上映会，富田美忧、
伊濑茉莉也、井泽诗织等动画配音演员到场演出。7月11日至8月6日《来自深渊》与
东京和
北九州市的2家咖啡店进行联动，之后还举行了跟女仆咖啡厅的联动，推出了多种动画相关菜品。9月24日举办了动画最终话上映会活动，动画配音演员和制作人员表演脱口秀。11月26日，举办“深谈深渊”活动，邀请到了
富田美忧、伊濑茉莉也、
井泽诗织以及制作人山下慎平到场参加活动。
其中：
豆瓣、IMDB评分为10分制，Filmarks评分为5分制。（截至时间2023年8月28日）