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缓冲器的中文名字叫上样缓冲液,6*的缓冲液中可以显示两条带,前面的
白及色的条带是
溴酚蓝,在0.6%、1%、1.4%和2%
琼脂糖凝胶电泳中,
溴酚兰的迁移率分别与1Kb、0.6Kb、0.2Kb和0.15Kb的双链线性
脱氧核糖核酸片段大致相同;后面的
蓝色条带是
二甲苯,它在1%和1.4%琼脂糖中
电泳时,其迁移
速率分别与2Kb和1.6Kb的双链线性DNA大致相似。而对于PAGE胶他们的迁移速率也分别不同。
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缓冲器的功能主要有两个。第一,里边的
指示剂对溴苯酚蓝和二甲苯氰FF起到指示的作用,显示电泳的进程,以便我们适时终止电泳;第二,里边的成分
丙三醇可以加大样品密度,使样品密度大于TAE,从而
沉降到点样孔中,防止样品飘出点样孔。另外,有的Buffer是加有SDS的,一般都会写明。SDS主要是促使
聚合酶变性,因为没有除尽的聚合酶会结合在
脱氧核糖核酸双链上影响它的迁移
速率。
细胞裂解后的裂解液,加loading 100℃加热,也是为了中止
酶促反应,防止提取的
蛋白质降解。
6 X loading buffer中含色素溴酚蓝(Bromophenol
蓝色)、
二甲苯蓝FF(Xylene Cyanol FF)两种染料(浓度都是0.05%)
在
琼脂糖凝胶(0.5% ~ 1.4%)中溴酚蓝(Bromophenol Blue)约与300 bp的双链线状
脱氧核糖核酸的迁移速度相同,二甲苯腈蓝FF则与4 kbp的双链线状DNA的迁移速度
相等。
6Xloading
缓冲器是用来上样的;10Xloading buffer是stop buffer,是停止
酶促反应的,如果一定要用10Xloading buffer的上样当然也可以,唯一要注意的是:10Xloading buffer中多了一样SDS,它会使酶类如taq酶
变性,以PCR产物为例,在
电泳泳道上会产生一片弥散,如果电泳跑的距离短,和多出来一条带没有什么区别(大概1000bp左右)。