东莞市清溪中心小学前身是清溪鹿鸣小学，创建于1929年，由清溪地区华侨捐资兴建。学校建成后，教学质量享有较高的声誉，影响甚广。1943年，
日寇铁蹄 踏进清溪，学校被迫迁移（现重河村委会杨屋重木村即耀南小学旧址）继续上课。1945年10月
大日本帝国投降后，学校回迁故地，1946年改名为清溪中心小学国民学校。1969年又改名为圩办小学，1978年恢复老校名清溪中心小学。
学校占地48000平方米，建筑面积25000平方米。学校配有先进的校园网络和校园
电子琴室、科技室、美术室、书画室、音乐室、舞蹈室、
多媒体阶梯教室、课件制作室、学生阅览室、电子阅览室等各种功能室24个，课室配有多媒体系统。学校图书馆藏书6万册，平均藏书约24册。各种
教学仪器、器材设备均达到省一级学校的标准。现代化的硬件设施为学生的成长、成才创设了理想的空间。
学校先后获得“东莞市普教系统‘三现代’教育先进集体”，“东莞市实施儿童发展暨
家庭教育工作先进集体”，“东莞市少先队红旗大队”，“东莞市普教系统文明学校”，“东莞市基础教育课程改革实验先进学校”，“东莞市《贯彻学校体育卫生工作条例》优秀工作等级学校”，“东莞市园林式学校”、“东莞式无毒学校”和“
清溪镇素质教育先进学校”等各种奖励，2003年5月被评为东莞市一级学校。2005年1月被评为
广东省一级学校。2005年6月被评为东莞市绿色学校。