南京城墙保护管理中心是在原
南京市明城垣史博物馆、南京市城墙管理处的基础上将南京中华门管理所、午门公园、仪凤门划入，从而实现了对现存城墙的统一管理单位，该单位于2014年2月正式挂牌成立，主任是郑孝清。
南京城墙保护管理中心职责是明确保护控制范围内的南京城墙保护管理、开发利用和申遗工作。管理范围含宫城、皇城、京城、外郭及其附属建筑，包括城墙（城门）、护城河、城墙遗迹和城墙遗址。2017年6月29日，南京城墙保护管理中心党总支召开党员大会，庆祝建党96周年。2020年，南京城墙保护管理中心创立“颗粒归仓，守护城墙”党建品牌。2023年11月3日至5日，南京城墙保护管理中心等6家遗产保护管理单位共同推动成立、筹备中国古迹遗址协会城防与军事遗产专业委员会。2024年4月，在南京市
栖霞区清理出的大量明代南京的城墙砖已被运入南京城墙保护管理中心城砖库房统一保管，会用于南京城墙修缮保护、城砖铭文研究以及展览展示等工作。
2021年6月，南京城墙保护管理中心第一党支部被南京市委授予“南京市先进基层党组织”称号。2022年9月，该中心多篇文章荣获“2021年度全省文博优秀论文”，其中《南京明故宫大遗址文化遗产数字记录与档案建设的实践与展望》荣获二等奖。
1988年3月22日，南京市编制委员会批准成立南京市城墙管理处。同月，南京古城墙被列为
中华人民共和国国务院公布的第三批全国重点文物保护单位。2006年、2012年，南京城墙两次被
国家文物局列入中国申报世界文化遗产预备名单。
1979年3月，成立南京中华门管理所。1988年3月22日，成立南京市城墙管理处，隶属南京市园林局，主要负责对古城墙的保护、维修和管理工作。1993年，将南京市城墙管理处由南京市园林局正式划归南京市文物局。1998年5月24日，
南京市明城垣史博物馆正式对外开放，主要任务是开展对南京古城墙的史料征集、研究、展示、宣传教育等工作。2014年2月，南京城墙保护管理中心正式挂牌成立。
2016年12月30日，南京城墙保护管理中心召开2015年工作总结暨2016年工作部署会议，会上，各部门对2015年度工作进行了回顾总结，对工作中存在的问题进行查摆分析，对明年工作进行了讨论研究，并就中心“十三五”期间重点工作提出了一系列建议。2017年6月29日，南京城墙保护管理中心党总支召开党员大会，庆祝建党96周年。2019年，南京城墙保护管理中心在市民的协助下在电瓷新村社区老厂区宿舍回收了上千块城砖。2020年，南京城墙保护管理中心创立“颗粒归仓，守护城墙”党建品牌，该品牌立足于南京城墙保护管理中心和南京城墙保护基金会共同发起的一项面向公众的公益性活动。同年，南京城墙保护管理中心、南京城墙保护基金会在悦动·新门西开设砖集馆，用于展示“颗粒归仓”项目成果和南京城墙城砖的文化遗产内涵。2021年，南京城墙保护管理中心发布2021年年度报告。
2022年9月，南京城墙保护管理中心多篇文章荣获“2021年度全省文博优秀论文”，其中《南京明故宫大遗址文化遗产数字记录与档案建设的实践与展望》荣获
二等奖，《明初南京城墙改建与重建探研》《南京明故宫大遗址现状与保护利用研究》荣获三等奖，《南京城墙典型病害分级及处理措施的研究》《南京城墙学术研究数据库建设的现状与思考》荣获优秀奖。2023年11月3日至5日，南京城墙保护管理中心等6家遗产保护管理单位共同推动成立、筹备中国古迹遗址协会城防与军事遗产专业委员会，并将专委会秘书处正式设在南京。2024年4月，南京市
栖霞区在拆除一处废旧厂房的围墙时，清理出大量明代南京的城墙砖，这些城砖回收后已被运入南京城墙保护管理中心城砖库房统一保管，会用于南京城墙修缮保护、城砖铭文研究以及展览展示等工作。
南京城墙保护管理中心内部设置有办公室、宣传人事部、文化遗产部、文物保护部、陈列研究部、藏品保管部、社会服务部、旅游规划部、安全保卫部、文创产业部10个部门和解放门、神策门、挹江门、中华门、午门五个管理办公室。
2024年4月，南京市
栖霞区在拆除一处废旧厂房的围墙时，清理出大量明代南京的城墙砖，经初步统计约有2万块。同年4月29日，从南京城墙保护管理中心获悉，这些城砖回收后已被运入城砖库房统一保管，会用于南京城墙修缮保护、城砖铭文研究以及展览展示等工作。
南京城墙保护管理中心成立以来，借助举办“
青年奥林匹克运动会”契机，在城墙保护管理、开放利用等方面取得了突破性进展，获得社会各界的广泛好评。