王琼在毕业后便进入了工程中心工作，参与了
嫦娥一号、
嫦娥二号工程，2010年10月20日，王琼等人受到
清华校友总会的访问。2013年3月10日，王琼参与了
吴伟仁总设计师与中科大师生的座谈。2019年11月28日，王琼团队访问
桂林理工大学，并举办“嫦娥六号与月球基地”规划座谈会。2022年9月15日，王琼在
芮城县的
全国科普日活动中主讲《九天揽月 逐梦广寒》。2023年10月2日，王琼参加了在阿塞拜疆首都
巴库举办的国际月球科研站-国际大科学工程全球网络论坛。
王琼考入
清华大学，并2006年获得电子系硕士学位。他在毕业后恰逢中国实施探月工程的大好时机，便从一开始就参与探月工程，并参与了
嫦娥一号、
嫦娥二号工程，2010年10月20日，王琼等嫦娥二号探月工程的清华校友受到校友总会钱锡康、冯萍萍、贺贵的访问。2013年 3月10日上午，王琼参加了前探月工程总设计师
吴伟仁与
中国科学技术大学有关学院骨干教师的座谈会。
2019年11月28日，王琼一行调研了
桂林理工大学，并召开了“嫦娥六号与月球基地”科学规划座谈会。。2020年11月24日，王琼见证了
嫦娥五号探测器搭载
长征五号运载火箭的成功发射。2022年9月15日，王琼参加了
芮城县开展的2022年
全国科普日航天精神科普联合行动，并主讲了《九天揽月 逐梦广寒》讲座。2023年10月2日，在第74届国际宇航大会（IAC）活动期间，国际月球科研站-国际大科学工程全球网络论坛在阿塞拜疆首都
巴库成功举办。王琼在论坛上介绍了
嫦娥八号的概念规划，并发布嫦娥八号国际载荷搭载机遇公告。2024年6月4日，他在嫦娥六号上升器携带月球样品自月球背面起飞，成功进入预定环月轨道后受访表示，科研人员为嫦娥六号设计了两种“挖土”方式：钻具钻取和机械臂表取。