吴子嘉是台湾“外省第二代”，毕业于台湾省立台北工业专科学校。毕业后在军中服役，退役后经商。1997年3月12日，吴子嘉加入民进党，是昔日“美丽岛”系资深党员。2016年6月，吴子嘉担任《美丽岛电子报》董事长，跨足岛内媒体界、企业界及政治圈。2019年2月，吴子嘉因屡屡发表对民进党的负面看法，被开除民进党籍。
吴子嘉出生于台湾省
高雄市，父亲是
中国国民党军人，后随国民党军败退台湾。年少时家中贫困，后在台湾省军队中服役，退役后转做经商。1979年
黄信介创办《美丽岛杂志》，同年因“美丽岛事件”被捕入狱。后来以黄信介、
许信良等“美丽岛事件”为代表的民进党成员被称为美丽岛系。吴子嘉此时资助了很多美丽岛系的民进党人士，成为他们的金主。1997年3月12日，吴子嘉正式加入民进党。
2009年12月10日，民进党“美丽岛”系大佬许信良创办了《美丽岛电子报》，吴子嘉当时担任副董事长。2016年6月，吴子嘉接替许信良担任董事长。在民进党内部，吴子嘉被视为较为亲大陆的代表性人物之一，他曾表示自己一直致力于推动两岸和解。吴子嘉曾在2009年及2015年两次受邀到大陆观礼阅兵大典，他受访时透露，自己是
中国国民党抗日将领的后人，他的外祖父和父亲都曾征战在抗日一线。2014年、2016年、2018年，吴子嘉连续三次策动党代表在民进党党代会上提案，要求以“两岸维持现状”为基础，提出民进党新党纲，冻结民进党的“台独党纲”。但是，吴子嘉等人的提案始终被蔡英文置之不理。2017年12月15日，吴子嘉受邀参加由全国台湾研究会举办的“2017年台湾政局暨两岸关系回顾与展望研讨会”，他是首位受邀参加台研会座谈的岛内
绿营人士。
进入2019年之后，《美丽岛电子报》又屡屡发布蔡英文及民进党声望跌落谷底的民调结果，引起党内强烈不满，认为他在政论节目的发言涉抹黑、扭曲、造假爆料，污蔑蔡英文，已影响民进党形象。2019年2月26日，民进党
台北市党部中午召开评议委员会，决定将吴子嘉开除党籍。
2019年2月，据台湾《
中时电子报》报道，民进党籍的台湾“美丽岛电子报”董事长吴子嘉，经常现身各大政论节目批评时政，没想到却引来民进党不满，对他给予开除党籍处分。对此，吴子嘉表示，已经请律师打官司。他对于民进党不能接受批评，相当不以为然。
2023年9月，与民进党关系密切的公司超思进口巴西
鸡蛋的争议不断。就在外界质疑台当局图利厂商时，媒体又爆出这些进口蛋的
保质期写错。对此，吴子嘉在电视节目中表示：可能买的就是过期蛋，已经流入孩子补习班，民进党又笨又坏。