内蒙古足球协会是由足球爱好者、足球专业人士及从事足球活动的单位或团体自愿结成的专业性、全区性、非盈利性的社会组织，接受业务主管单位内蒙古自治区体育局、内蒙古自治区体育总会和社团登记管理机关自治区民政厅的业务指导和监督管理。内蒙古足球协会挂靠在内蒙古自治区足球运动管理中心。

内蒙古足球协会的宗旨是遵守宪法、法律、法规和国家政策，遵守社会道德风尚，要廉洁、公正。遵守国家中华人民共和国体育法，对国家制定的法律、法规严格执行。响应全民健身号召，团结热爱足球运动的各界人士，推动、指导足球运动在自治区的普及和提高，为自治区体育事业的社会化、产业化做出积极努力。

（一）在内蒙古自治区境内广泛开展足球运动，普及足球知识，增强人民体质，弘扬爱国精神。

（二）组织举办或与有关单位联合举办全区性、全国性、国际足球比赛以及与足球运动相关的活动。

（三）派队参加或与有关单位联合派队参加全区性、全国性、国际性的各类足球比赛以及足球运动相关的活动。

（四）组织或与有关单位联合组织足球运动的专业知识普及和培训工作。宣传足球知识，普及足球活动，不断提高足球运动水平。

（五）规范管理本区境内有关足球运动组织和足球活动以及足球运动员、裁判员、教练员的审核注册工作。

（六）依法从事经营活动，广开经费来源渠道，积极为本项目的发展筹集资金。

（七）加强与中国足球协会、各兄弟省市足球协会的联系，沟通情况，增进了解；增进全区足球爱好者之间的团结和友谊。

（八）根据国家体育总局和自治区体育总会有关规定，指导并管理自治区的足球活动。

（九）完成政府有关部门委托的其他任务。

2018年9月17日，国家体育总局秦皇岛市训练基地（中国足球学校）与内蒙古足球协会在秦皇岛举行了战略合作协议签署仪式，共同推动内蒙古自治区足球事业新发展。

截至2018年9月中国足球学校办学的办学成果与办学经验，阐述了新时代下中国足球学校的发展规划。对内蒙古自治区举全力推动足球事业发展的情结及目前取得的成绩表示感动，中国足校将积极主动承担起国家、社会赋予的责任，充分发挥20年来在青少年足球训练、竞赛、培训、管理等方面积累的经验，期待双方能够整合资源，共同发展。

2021年11月25日，内蒙古足球协会于呼和浩特市举行首批足球青训点签署仪式，共有十二家经评审符合要求的青训机构参与签署，并被命名为第一批“十四五”期间足球改革发展青训点。