西南大学早在20世纪六七十年代盛叙功、刘德岑教授就开始从事历史地理学教学和研究。1996年成立了西南大学历史地理研究所，并先后开始招收专门史（历史地理）和历史地理方向硕士研究生。2005年历史地理学获得博士研究生学位授予权，是重庆市重点学科。

目前该机构有两块牌子，一是西南大学历史地理研究所（1996年挂牌），一是西南历史地理研究中心（重庆市人文社科重点研究基地）（2013年挂牌）。

研究所现任所长蓝勇教授。学科现有博士生导师3人，硕士生导师3人，在对中华人民共和国西南地区历史文化地理、历史民族地理、历史经济地理和历史自然地理等研究方面成绩突出，主编的面向21世纪教材《中国历史地理学》在全国广泛使用。近年来学科主持和承担了国家自然科学基金重大计划、国家社会科学基金、清史·生态环境志、重庆市社会科学规划重大等项目，成果获得教育部人文社会科学奖、霍英东基金会优秀教师研究类奖、四川省和重庆市政府哲学社会科学优秀成果奖多项。在研究上与德国、日本、韩国及台湾省、香港特别行政区学者有较多的交流，形成了尽全时空、注重田野、研究西南、关怀现实的研究特色。

办有《中国人文田野》、《西南史地》两种刊物和《人文田野》网站。