东白塔清真寺最初建立于1595年（明万历二十三年），当时村庄内仅有少数回族居民。尽管最初的寺庙规模较小，但其东侧面向北方的大门设计精美。为了纪念这一时刻，建造者们制作了一块长约两尺、宽约一尺的木质匾额，放置在大殿顶部以示纪念。
清康熙三十七年（1698年）进行了首次大规模修复，随后在1941年（民国三十一年）再次进行了重建。在这次重建过程中，由于人口增长，原有的大殿已无法满足需求，因此进行了扩建并提高了建筑质量。然而，原有的角门被保留了下来，直到1958年之后才被拆除。1986年至1987年间，又进行了维护工作。
截至2012年，东白塔清真寺占地面积约为1500平方米。其中，
礼拜殿为主要建筑，坐东朝西，采用砖木结构，建筑面积达250平方米。此外，还有南面和北面的配房各十间，分别占地200平方米。寺前设有一个50平方米的高台。
东白塔清真寺的主要建筑包括一座东西走向的正殿，面积为250平方米，以及南、北两侧各有十间的配房，总面积均为200平方米。寺前设置了一个高台。礼拜殿采用砖木结构，呈三卷一廊式布局。殿前设有大阅台，两侧分布着二十多间配房，用作讲堂和沐浴设施。整个寺院的设计融合了中国传统
伊斯兰教建筑风格与西方建筑元素。前廊两侧绘制有
麦加和
麦地那的图案。此外，还建设了南北配房、大门楼、轿子房和围墙等附属设施。