极小谷精草的花葶，长2-3厘米，径0.3-0.5毫米，稍扭转，具3棱；鞘状苞片长1.2-1.8厘米，紧贴花葶，口部斜裂；花序含花3、4朵，熟时半球形，上部黑色，下部绿色，长1.5毫米，宽2-3毫米。总苞片倒卵形，背面隆起，黄绿色，稍带灰黑色，不反折，膜质，长1.7毫米，宽1.2毫米，无毛；总（花）托有短毛数条；苞片倒卵形至倒
披针形，端钝，长1.4毫米，宽0.7-1毫米，无毛，黑色。
雄花的
花萼佛焰苞状，外侧深裂，顶端3浅裂，黑色，长1.4毫米，无毛；花冠裂片3，几同形、宽卵形，端部各有1黑色腺体，无毛；
雄蕊6枚，花药黑色。
雌花的花萼佛焰苞状，外侧开裂，端3浅裂，黑色，长1.4毫米，边缘有短毛数条；花瓣3枚，肉质，上部长卵形，下部收缩成柄，顶端各具1黑色腺体，内面有毛1-3；子房3室，花柱分枝3，短于花柱。种子卵形，长0.9毫米，表面具横格及钉状突起。花果期7-10月。
极小谷精草与
高山谷精草E. alpestre和
宽叶谷精草E. robustius近缘。它以个体特别小，叶宽不达1毫米；花序上部黑色，下部黄绿色，无毛；
雌花花瓣白色以及种子表皮突起形态不同足以区别。