《上海滩十三太保》讲述了抗战时期，爱国志士高先生带着密件由上海到香港公布汪精卫卖国求荣的真相。在去码头的路上设置了重重陷阱，由保护高先生的一派和抓捕高先生的一派激烈斗争，最后护送高先生成功离开的故事。
爱国人士高先生（江明饰）带着一份密件逃到上海，他要安全离开上海就需要人保护。他找到了一夫当道的沈刚夫（陈观泰饰），追杀高先生的洪述武（常枫饰）、魏啸天（张泰伦饰）也安排人手阻止高先生离开上海，双方大战一触即发。
老洪先安排长枪小杨（
李修贤饰）去狙击高先生，被沈刚夫识破，小杨击杀的是一个替身。小杨自以为完成任务，去找
刘洪要钱，反被魏啸天杀了。沈刚夫让烟嘴冯金榜（
江生饰）护送
高镜湖离开。洪述武直接找到沈刚夫要人，魏啸天和沈刚夫动手，但不是对手，又没看到人，只能作罢。另一边烟嘴在护送高先生逃走时还是被发现，烟嘴让高先生去裁缝店找裁缝，自己留下善后，最后双拳难敌四手，死亡。
高先生找到裁缝店眼镜（
王钟饰），眼镜让人带高先生去找富翁陶大业（
梁家仁饰）。自己却被手下击伤打死，原来手下被魏啸天收买。魏啸天派了罗虎（
鹿峰饰）去陶大业那等着，他悄无声息将陶大业手下解决，后罗虎直接和陶大业正面冲突。本来罗虎不是陶大业的对手，但
陶小妹（
朱海玲饰）听到打斗声出来，被罗虎威胁，陶大业分心之下，被罗虎击杀。高先生到了之后，立马被擒住。罗虎看任务完成，准备回去复命。这时学生关伟（
刘德华饰）出现阻止，你来我往间，罗虎不是对手，他准备先杀了高先生。关伟挡了致命一击，最后和罗虎同归于尽，临死前关伟告诉高先生去赌场找浪子叶不凡（
姜大卫饰）。
在赌场大豹袁海（戚冠军饰），少爷梁少雄（李中一饰）、熊力（王青饰）和浪子叶不凡几位高手齐聚一堂，叶不凡联手少爷大战洪述武派来的袁海和熊力，激战过后，叶不凡和少爷取得胜利。几人准备送高先生去码头，叶不凡却被快刀项方（程天赐饰）偷袭，少爷带高先生先走，叶不凡留下对付项方。一路上围追堵截，少爷最终死亡。高先生要被抓走之时，教头（狄龙饰）出现救下高先生。
不久之后，魏啸天带人过来，黑鹰胡大力（
陈星饰）也赶来阻止
高镜湖离开，两人联手对打教头，教头暂时抽不开身。这时快刀项方解决了叶不凡也赶了过来。他要去杀高先生时，被保护高先生的的那些人直面死亡的精神所感动，最后放弃击杀高先生。教头的一个手下（尤少岚饰）想要偷袭高先生，被快刀阻住，原来这是潜伏在教头手下的大豹袁海的弟弟，小豹袁江。几个回合下，袁江倒在项方刀下。那边胡大力和魏啸天也被教头打倒。
快刀项方本是杀手，这次他坏了规矩，最后决定和教头比试一番，两人不相上下大战了一番，最后项方放弃抵抗，被教头杀死。因为他是杀手，要么杀死对方，要么被对方杀死，不能坏了杀手规矩。
“电影《上海滩十三太保》对西方观众来说，它就像一场哑剧。配音很可怕，字幕中有一些奇怪的翻译，但这是魅力的一部分。坏人应该被嘘，英雄应该被欢呼，观众会无意中被搞笑的配音引起大笑。”；“如果观众想要看纯粹的老式动作，还有邵氏兄弟明星的“系列名人”加持，外加不经意的笑点，那么电影《上海滩十三太保》值得坐下来观赏。”——（影评人格伦·斯坦威 \u003cGlen Stanway\u003e） 评