秩正二品。文宗
天历二年（1329）建于大都（今
北京市）兴圣殿西之奎章阁，故名。不久升学士院。有
大学士、
侍书学士、承制学士、供奉学士、参书等官，多以他官兼领。阁内收藏古器物及图书字画甚多。设大学士4员，侍书学士、承制学士、供奉学士各2员。首领官有参书、典签等。常受命进经史之书。考历代帝王之治。设属官授经郎，为蒙古贵族子弟讲授经历。学士院还曾受命编《
经世大典》一书。辖群玉内司，掌奎章阁图书宝玩及各种常御之物。顺帝至元六年（1340）罢。
至正元年（1341）又立宣文阁，不置学士，公设授书郎及监书博士等。