晋帝打算纳荀邃的女儿入后宫,任命他为
散骑常侍,但他拒绝并东渡
长江。晋元帝任命他为军咨
祭酒。大兴年间,荀邃官拜侍中,与掌权的
刁协成为姻亲。刁协想提拔他为
吏部尚书,但他拒绝。王敦讨伐刁协,刁协党羽都被杀,荀邃因疏远刁协而获免。王敦上表让荀邃担任廷尉,他以生病婉拒,后来出任
太常和尚书。苏峻之乱爆发,他和
王导、
荀崧在石头城侍候
晋成帝。乱事平定后去世,赠官金紫光禄大夫,谥号靖,儿子荀汪嗣爵。
弱冠,辟赵
王伦相国掾,迁太子洗马。
司马邺时,官至
左将军,
陈留郡相。以父忧去职。东渡后,
刘奭以为军祭酒。太兴初,(公元三一八年)拜侍中。邃与
刁协为婚亲,时协执政,欲以邃为
吏部尚书,邃深拒之。王敦讨协,复表为廷尉,以疾不拜。
苏峻作乱,邃与王导、荀并侍帝于石头。峻平后卒,赠金紫光禄大夫,谥曰靖。邃着有文集二卷,《
隋书·经籍志》注传于世。