形态发生（希腊语：μορφογένεση，字面意思是"形状的开始"）是一个生物体发展形态的生物过程。它和细胞生长之调控、细胞分化被视为发育生物学的三个基本主题之一。这个过程控制了细胞在胚胎发育过程中的空间分布，也可以发生在成熟的生物体、细胞培养或肿瘤细胞群中。形态发生描述了单细胞生命的发展形式，以及一个分类群体内一个身体结构的演化过程。形态发生反应可能是由荷尔蒙、环境化学物质引起的，例如其他生物体产生的物质，作为污染物释放的有毒化学物质或放射性核素，以及其他植物，或由细胞空间图案引起的应激性。

形态发生指生物发生中产生新的形态过程。多细胞生物既有时间上的分化，又有空间上的分化。在个体的细胞数目大量增加的同时，分化程度越来越复杂，细胞间的差异也越来越大，而且同一个体的细胞由于所处位置不同而在细胞间出现功能分工，头与尾、背与腹、内与外等不同空间的细胞表现出明显的差别。因此，胚胎发育不仅需要将分裂产生的细胞分化成具有不同功能的特异的细胞类型，同时，要将一些细胞组成功能和形态不同的组织和器官，最后形成一个具有表型特征个体，这一过程称为形态建成。在形态建成的过程中，细胞间的位置关系要发生改变，同功能细胞组成组织，其关系密切，与不同功能的组织细胞进行协调工作，共同维持个体生命。

形态发生在许多情况下除了具有高级结构的蛋白质和病毒外，把细胞构成因素以上的单位作为形态变化的问题。根据这种涵义，形态发生是高级的复合过程，可大致把它分为生长、分化、形态发生活动等来进行考察。形态发生常伴有一方面的部分退变，这种情况显著地表现为变态和细胞的死亡。