慧灵女中是
苏州市第三中学的前身之一，该校的历史可以追溯到清末。慧灵女中最初是由美国南浸信会西差会创办的一所小学，后来发展成为一所中学。学校的校舍曾在民国时期具有显著的时代特征，但现已不存在。
慧灵女中的历史始于1906年（光绪三十二年），当时美国南浸信会西差会在
苏州市创办了浸会小学，由麦嘉祺先生担任创办人。1909年（
宣统元年），学校迁至
临顿路谢衙前并增设中学部。1913年更名为晏成中学。与此同时，另一所学校慧灵小学也在1907年由蓝纱斐女士创办，并于1911年（宣统三年）迁址并更名为慧灵女中。这两所学校在民国初期都曾迎来多位知名人士前来演讲，如
梁启超、
蔡元培、
章太炎等。1919年，孙中山先生为晏成中学题写了“其道大光”的匾额。学校在中西文化的交融中逐渐形成了自己的办学特色，尤其是在外语和体育方面表现突出。然而，由于战乱和社会动荡的影响，两校经历了多次变迁。1953年1月，人民政府接管了这两所学校，并将其合并为公立学校，最终定名为
苏州市第三中学。
自20世纪80年代起，慧灵女中就开始在外语教学领域进行改革创新。2004年，学校成为“中央教科所外国语实验学校”，并在2007年被评为中央教科所的优秀外语实验学校。
慧灵女中自1976年起就建立了地震测报站，并一直致力于科技创新教育。1997年后，学校在钟连元校长的领导下，建立了科技中心，并开展了多项科技教育活动。2005年，学校成功举办了第二十八届国际科联大会的分会场活动。温家宝总理曾鼓励学校继续推进科技活动，学校也积极响应，开展了多种形式的科普教育活动。
2003年，学校进行了“市队校办”体制改革，推动了体育工作的全面发展。学校的学生和教工运动队在多个赛事中取得了优异成绩，特别是在田径项目上，
张晓一同学更是获得了
亚洲青年田径锦标赛跳远冠军，并入选国家田径集训队。
慧灵女中在其发展历程中取得了丰硕的成果。学校不仅在全国范围内享有盛誉，还获得了众多荣誉和奖项，包括“全国中小学现代技术实验学校”“国家防震减灾科普基地”“
江苏省文明单位”等。此外，学校还成功举办了全国性的学术会议，并有一颗
小行星以其名称命名。