旗本（はたもと；Hatamoto）是石高未满1万石的江户幕府时期武士，在将军出场的仪式上出现的家臣，他们为德川军的直属家臣，即使薪酬只有100石的家臣，都视为旗本。旗本所统治的领地称作知行所。在日本战国时代，部份大名有使用旗本或与旗本相似的制度。旗本一词最初指的是在战场上守护主君军旗的武士团。

战国时代大名除了使用他的家臣指挥他的军队外，一些大名会安排由他直接指挥的军队（概念与侍卫相似）。例如上杉家的旗本千坂景亲在每一次上杉谦信出征的时候，他也会在本阵留守。并取得良好的战绩。在战国时代，旗本一般是指直接受主君指挥且属于直属部队的家臣，有别于国人众等独立于主君之外的私人军团所编成的幕下层。一般会以谱代家臣为中心来编成部队，并在战时组成主君的本阵。构成幕下的地方豪强，特别是国人众不仅完全独立于主君之外，部分甚至还是拥有城池的独立领主，在这种背景下，主君则信赖其直属的旗本家臣团，并且以其为中心来进行国政。

旗本的定义就是1万石以下，而且是将军的直臣，都当作旗本，当中喜连川氏是例外，虽然他们只领有五千石，但江户幕府当作为大名。通常旗本由一些失格的大名（例：最上、福岛）以及一些大名家的末子。一些收入较高的大名，平时的工作为负责江户城的护卫。收入较少的大名会被编入小普请的工作。江户时代对于旗本的俗称为“旗本八万骑”，根据1722年调查数目为5000。共100名为拥有5000石以上的石高，300名拥有3000石以上，当中九成的旗本只有500石以下。旗本又分为：铁炮众, 马回, 小姓, 弓众, 黑母衣众, 赤母衣众。旗本中横田家，在横田准松这一代，加增至9千5百石，成为旗本的最高位。其次为深沟藩板仓重昌的次子板仓重直，八千石。

旗本侧近向来为大名所倚重，因为他们是大名政治体系中的新鲜血液，适当的注入可以有效的提高大名政体运作的向心力。以室町幕府最强将军之称的足利义满为例，其大力招募那些武士世家的没有继承权的武士，给予他们近卫军和贴身秘书的权力。一旦看那家大名不顺眼，马上就有了弹药随时可以介入其中。重用这些无根基的旗本，他们只会更依赖于大名，所以织田信长能那么成功，跟他注重培养旗本侧近有关。织田信长利用阿犬前田利家强力介入前田家家督统继，这些事件变相的提高了家督威望跟对麾下豪族的控制力，这在“下克上”风暴的战国时期是非常重要的。

在江户时代，旗本是以在三河发迹的德川家家臣为代表。其他还有北条家、武田家、今川家的遗臣、大名的族人、改易大名的名号继承者、偏远地方的豪族或大名，以及战国大名、守护大名如赤松氏、山家、别所家、北条家、富㭴家、最上家、山名家、武田家、今川家、大友家、织田家、金森家、滝川家、筒井家、土岐家、福岛正则的嫡系子孙、庶出子孙构成。江户时代初期至中期，幕府认可大名的旗本，因此当时盛行创立称作分知的旗本家分家。

领地的石高特别高的旗本，被称作“大身旗本”。旗本中同样也有类似“参勤交代”的制度，称作“交代寄合”。交代寄合大多数都是石高较高的家系，但也有像德川将军家本家分支的松平乡松平家〈石高仅有四百二十石〉或米良家〈领地为荒芜的无高、米良山〉这样石高较少的家系。负责参与各式仪式、接待大名及担任大名礼仪指导的如吉良家、畠山家、今川家、武田家等旧名门出身者，在家臣团中被称呼为“高家”。高家最初只有吉良家、今川家、石桥家三家，后来逐渐增加到二十六家。高家中大多数都是石高达一千石左右，担任的官位比起领有的俸禄要高出不少。高家甚至能当到与十万石大名平级的官位，但石高最高也不曾达到五千石。另外，高家若要担任其他的幕府职位，必须先脱离高家成为旗本。