文化部创新奖成立于2004年，其目的是为了表彰那些能够站在时代前沿、弘扬科学精神、运用现代科技并且能够广泛传播的文化项目。该奖项设有创新奖和
特等奖两个类别，评选活动每三年举办一次。截至2013年，已举办了四届文化部创新奖。
文化部创新奖自2004年起设立，并通过同年3月29日发布的《文化部创新奖奖励办法》正式确立。2006年3月21日，文化部对该奖励办法进行了首次修订，并于次月起生效。2009年1月7日，文化部发布了第二次修订版本的《文化部创新奖奖励办法》，并于当日开始实施。此次修订调整了每届奖励项目的数量上限，取消了奖励人数限制，并增加了评审委员会秘书长职位，同时缩短了评审委员的任期。2010年9月26日，文化部再次对《文化部创新奖奖励办法》进行了修订，这次修订对授予对象的范围进行了细化，规定了
特等奖的数量上限，并明确了奖金数额。
文化部创新奖的主办单位为文化部，监督机构为驻文化部监察局。评审委员会负责具体评审工作，包括主任委员1人，副主任委员2人，秘书长1人以及若干委员。评审办公室设在
文化部文化科技司，负责日常事务。此外，评审委员会可根据需要设立专业评审组，每个小组配备组长、副组长和成员。
文化部创新奖的评选周期为每三年一次，每次评选的获奖项目总数不得超过20项，其中特别杰出的项目可被授予
特等奖，特等奖的数量上限为4项。
文化部创新奖的授予对象是在文化行业中各个领域内，通过科学理论、科学方法和技术手段进行创新，并取得了显著社会效益和经济效益的单位和个人。这些创新涵盖了文化体制改革、艺术创作与生产、工艺创意与科技等多个方面。
文化部创新奖的评审过程包括初评和终评两阶段。初评由各专业评审组进行，采用分组投票方式进行。终评则由评审委员会以会议形式进行，采用记名投票表决方式。评审过程中实行回避制度，确保公正性。评审结果经文化部审核批准后向社会公示，公示期间如有异议，可通过书面形式向评审办公室提出。
第一届文化部创新奖评选出了1项
特等奖和13项创新奖。其中，“
苏州市昆曲遗产保护、继承、弘扬工程”荣获特等奖，另有13个项目获得了创新奖。
2007年11月6日，在武汉举行的第二届文化部创新奖颁奖典礼上，“
广东省公共文化服务体系的创新与实践”项目荣获特等奖，还有14个项目获得了创新奖。
在第四届文化部创新奖的评选中，共有29个项目获得了荣誉。其中包括4项
特等奖、16项创新奖以及9项创新奖
提名奖。