山东省中医药管理局原名山东省中医管理局，2009年7月29日正式更名并在山东省卫生厅挂牌。

2014年，根据中共中央、国务院批准的《山东省人民政府职能转变和机构改革方案》(厅字〔2014〕16号)，设立山东省卫生和计划生育委员会，挂山东省中医药管理局牌子，为省政府组成部门。

山东省中医药管理局以专科建设、人才培养和基层中医药工作为重点，推动中医药医疗、保健、科研、教育、产业、文化六位一体全面发展。

2014年，根据中共中央、国务院批准的《山东省人民政府职能转变和机构改革方案》(厅字〔2014〕16号)，设立山东省卫生和计划生育委员会，挂山东省中医药管理局牌子，为省政府组成部门。

2018年，按照省委、省政府《关于山东省省级机构改革的实施意见》要求，整合省卫生和计划生育委员会（省中医药管理局）以及医药卫生体制改革、老年事业管理、老年人权益保障、职业卫生监督管理等职责，组建省中华人民共和国国家卫生健康委员会，作为省政府组成部门，正厅级规格，保留省中医药管理局牌子。