民国2年（1913年）张任
江苏省都督，恽即奉调
徐州市，任长江巡阅使署参谋长。民国6年7月，张勋复辟，率军队入宫，假传谕旨，擅改国体。
段祺瑞等在马厂出兵，直指
北京市，历10天即攻进
天坛，张于炮火中潜逃，避匿于荷兰公使馆。张勋复辟失败后，长江巡阅使署人员由代总统
冯国璋派员至徐州进行遣散，恽禹九则赴沪避居。民国12年，江浙军阀
齐燮元、
卢永祥开战，恽禹九等出面维持地方治安。翌年8月，齐军退苏常，卢军接踵而至，供支浩繁，恽等细心应付，市场不惊。齐卢之战为奉军坐收渔利，
张宗昌率军南下，一路掠夺，将常州商团所有枪械全部没收，因恽禹九与张宗昌早有旧谊，相互周旋，请张约束部下，勿使扰民，地方才得以未受惨重损失。民国14年，恽被推任为
武进区商会会长。