杭州市医学会创建于1934年6月，其前身为中华医学会杭州市分会。1960年设理事会，至今为第七届理事会。学会业务主管单位是杭州市科学技术协会，登记管理机关是杭州市民政局，党建领导机关是杭州市卫生健康委员会。学会接受业务主管的业务指导和社团登记机关的监督管理，业务上接受杭州市卫生健康委员会的指导和管理。

杭州市医学会先后获得5A级社会组织、杭州市品牌社会组织。2017年度和2018年度浙江省优秀医鉴办和杭州市科协先进科技社团。2020年获得杭州市新冠肺炎疫情防控应急科普工作和科技志愿服务先进市级学会。2020、2021连续两年被评为“一流学会”荣誉称号。