2010年9月，
福冈县海域出现危情。巨型天然气田开采设施“
兰格利亚”发生火灾，与此同时
强台风正在接近这片海域。“兰格利亚”是日韩合作的项目，由
俄罗斯提供技术，预算高达十五亿
日元。
海上保安官
仙崎大辅和搭档吉冈以及“兰格利亚”的设计主任樱木一同赶赴现场。在援救过程中，现场突然发生大爆炸，大辅、樱木、医生西泽和开采员木岛困于其中，所幸被第七管区机动救难队的服部所救。然而由于直升机和船只皆无法接近，众人失去了安全脱离险境的希望。危急时刻，大辅凝视着爱妻环菜和刚出生的儿子大洋的照片冷静了下来。他和服部搭档，带领大家全力搜寻逃生之路。
伊藤英明、
加藤爱等主要演员为了能在时隔多年后找回角色的感觉，特地在开拍前翻出DVD重温了以前的《海猿》系列。
片中收录了
仙崎大辅和环菜浪漫的婚礼场面。剧本中原来并没有婚礼戏，只安排有结婚照登场，后来剧组应众粉丝的强烈要求加拍了这场戏。
该片以3D和2D两种形式同时公映，这是
日本首部推出3D版的大片。不过，影片并不是用专门的3D摄像机拍摄的，而是主要通过后期制作来增加立体效果。
《海猿3：最后的讯息》一片中演员
伊藤英明、
加藤爱和
佐藤隆太饰演的角色都和前作一样，
海东健饰演特殊救难队队员三岛优二，三浦翔平饰演伊藤的搭档，而且初次参加该系列演出的
加藤雅也、
吹石一惠、浜田岳、
鹤见辰吾和
胜村政信等人都是演技派，再加上日本海上保安厅的大力协助，给作品增加了新的感觉。
作为日本电影史上第一部3D上映的影片，海水、火焰、汗水和泪水几乎要呼之欲出，让观众犹如身临其境，兴奋和感动也因为立体画面大幅度提升，让观众们跟随演员一起流泪。虽然也有观众指出电影某些细节方面缺乏真实感，让人失笑，而且为了突出临场感故意让画面摇晃，让人不舒服，但是总体来说这部影片算是《海猿》系列的一部经典之作。（
搜狐评）