第三系是一个地质学名词，属年代地层单位。即新生代第三纪形成的地层。

第三系的简介符号是R，与第三纪相同。可分为下第三系（对应年代为早第三纪，符号E，又分古新统、始新统、渐新统）和上第三系（对应年代为晚第三纪，符号N，又分中新统、上新统）。

第三系的名称来源18世纪，在对南阿尔卑斯和意大利平原的地层研究中，把地层自下至上划分为原始系、第二系、第三系。十九世纪初在对巴黎盆地的研究中，又在原第三系上部划出第四系。

随着地质学的发展，原始系、第二系、第三系的名词已经废弃不用，而第四系的名称保留下来。

符号R，与第三纪相同。可分为下第三系（对应年代为早第三纪，符号E，又分古新统、始新统、渐新统）和上第三系（对应年代为晚第三纪，符号N，又分中新统、上新统）。

18世纪，在对南阿尔卑斯和意大利平原的地层研究中，把地层自下至上划分为原始系、第二系、第三系。十九世纪初在对巴黎盆地的研究中，又在原第三系上部划出第四系。

随着地质学的发展，原始系、第二系、第三系的名词已经废弃不用，而第四系的名称保留下来。

中国第三系分布广泛，遍及全国各省、市、自治区大大小小数百个盆地之中，它的最大特色是以陆相沉积为主，沉积类型复杂，而海相沉积物分布局限，仅见于新疆塔里木盆地、西藏珠穆朗玛峰地区、东南沿海、台湾和临近南海诸岛屿等少数地区。第三系的岩相复杂，横向变化大，沉积盆地分散。

第三系时期被子植物门和哺乳纲开始崛起。下第三系地层中奇蹄目化石、食肉目化石多见，标明它们的发展；上第三系则偶蹄目和象类化石多见。海相地层中软体动物门瓣鳃纲、腹足纲及甲壳亚门介形亚纲繁盛。