木瓜溪是花莲溪最北，也是流域面积最大的支流。流经花莲县秀林乡、寿丰乡与吉安乡，为吉安乡与寿丰乡的界河。木瓜溪拥有铜文兰溪、清水溪、清流溪、龙溪（又称巴托兰溪）、凤溪（又称巴托鲁溪）、桧溪、丸田溪、天长溪与奇莱溪等支流，其中以清水溪为最主要的支流。
木瓜溪发源于高耸的能高南山、
奇莱主山及其南峰，而被命名为“木瓜溪”则是因为木瓜山耸立在该溪进入平原的要口。
木瓜溪上游坡度变化大，有利于水力发电，建有铜门水坝与龙溪发电厂、龙涧发电厂、水濂发电厂、清水发电厂、
清流发电厂、铜门发电厂、榕树发电厂与初英发电厂等八座电厂，其中以龙涧发电厂的发电量最大。木瓜溪的水力发电排名于
台湾省第三，仅次于
大甲溪与
浊水溪。
山脚的铜门村及桥南岸的文兰村是东部
太鲁阁国家公园族最南的聚落。铜门村附近是著名的观光景点，日据时期称为“万代峡”，现俗称“小天祥”。木瓜溪特产为名石，如
蔷薇辉石等，受到许多爱石人的喜爱。