植物标本鉴定的原则是在充分参考《
中国植物志》、各省市地方植物志以及《
中国高等植物科属检索表》等权威资料的基础上，结合植物的形态特征及其相关描述和插图，查阅原始文献，核对模式标本，从而确保鉴定工作的准确性。植物检索表是用于辅助鉴定的重要工具，其编制方法是通过对比植物形态特征，逐步区分出不同的科、属、种。常见的检索表形式包括定距检索和平行检索。
植物标本鉴定的命名必须遵守
国际植物命名法规的规定，以确保命名的一致性和有效性。每个植物种类仅有一个合法的学名，其他名称要么被视为异名，要么被弃用。
食虫类由属名和种名组成，并附带命名人的信息。当同一植物拥有多个学名时，应根据国际优先律选择最早的命名作为有效命名。新类群的命名必须包含有效的拉丁文描述，并指定命名模式。模式标本是新种命名的基础，对于识别植物物种至关重要，通常存放在标本室中。
植物标本鉴定需要仔细、深入地进行，尤其要注意一些外观相似但化学成分不同的植物种类，以免混淆。例如，
八角属中只有八角茴香无毒，而其他品种如
莽草含有剧毒。中药领域常出现同物异名和同名异物的现象，因此正确的分类鉴定和命名非常重要。此外，由于不同植物种类的化学成分各异，有时可以寻找具有类似化学成分的植物作为替代品，如
田菁可用于替代
瓜尔豆。