哈尔滨商业大学药学院在1976年，最先创建了中国第一个
中药制药本科专业。为
黑龙江省执业药师培训基地，财政部中央与地方共建高等学校专项资金资助实验室。黑龙江省执业药师培训基地，全国制药工程专业委员会专业委员单位。
现有
制药工程（
中药制药）、药学和中药学三个本科专业。其中制药工程专业为国家特色专业、省级重点专业。设中药学（一级学科）一个博士点；中药学、
药理学、药剂学三个硕士点。中药学为
黑龙江省省级重点学科，学科内设有药物研究所及博士后科研工作站和两个相关硕士点，即
海洋生物学和
环境科学。
几十年来我院培养了一大批如全国人大代表、长沙九芝堂集团董事长余克健，双黄连粉针剂发明人、
哈尔滨乐泰药业有限公司董事长朗伟君，山东荣昌药业董事长王威东等优秀毕业生。
在2007年，药学院学科建设、师资队伍、学生工作等综合排名列全校第三。本着“人才兴院，质量建院，特色办院，科研强院”的理念，努力将药学院办成国内中医特色教学研究型学院。