眼子菜科（学名：Potamogetonaceae），也被称为藻类科，是单子叶植物纲泽泻亚纲的一科。这是一种水生的单子叶开花植物科，包括约110种已知物种，分布在六个属中。眼子菜科的植物广泛分布在全球，作为水生动物的食物和栖息地，被认为是水生环境中最重要的被子植物门群体之一。

眼子菜科的植物都是水生多年生草本植物，常有匍匐的根茎和叶状的枝条。他们的叶片可以是漂浮的，也可以是水下的，他们的茎经常是相连的。叶子上没有气孔。花是四合花：花的公式（萼片；花瓣；雄蕊；心皮）是[4;0;4;4]。花没有花瓣。果实由一到四个核果或瘦果组成。

眼子菜（眼子菜属 octandrus Poir）是眼子菜科的代表植物，为多年生水生草本植物。广泛地成片分布在中国各地湖泊中，朝鲜和日本也有分布，为稻田有害杂草之一。

眼子菜科在克朗奎斯特分类法中被分到茨藻目中，但在1998年的APG 分类法和2003年经过修订的APG II 分类法中被分到泽泻目，同时合并了原来的角果藻科，但排除了川蔓藻属的植物品种。包括大约几十种水生植物，有漂浮的也有沉水的。

本科10属，约170种。我国产8属，45种。

二药藻属 二药 Endl. 、虾海藻属 Phyllospadix Hook. 、波喜荡属 Posidonia Konig. 、眼子菜属 Potamogeton Linn. 、川蔓藻属 Ruppia Linn. 、针叶藻属 Syringodium Kutz. 、水麦冬属 Triglochin Linn. 、大叶藻属 Zostera Linn.

眼子菜科眼子菜属的叶、果、种子及花粉等，见于欧洲及苏联第三纪渐新世地层中。