根目录是计算机文件系统中的最上一级目录，它是所有子目录和文件的起始点，相当于一棵树的“根”。在Windows操作系统中，例如打开“这台电脑”（也称为“我的电脑”或“计算机”），双击C盘就可以进入C盘的根目录，同理双击D盘就可以进入D盘的根目录。

根目录在文件系统建立时即已被创建，其主要目的是存储子目录（也称为文件夹）或文件的目录项。在目录结构中，根目录是最基础的部分，所有的目录和文件都是从这里开始组织的。

根目录的相对路径是指从站点文件夹到被链接文档经过的路径。站点上所有公开的文件都存放在站点的根目录下。每使用一次，就表示返回上一级目录。在编写网页或进行文件管理时，了解和正确使用相对路径是非常重要的，它可以简化文件的引用过程，同时也是维护文件结构清晰的一种方式。

unix完全抽象了这个树层次结构的本质，在Unix和类Unix系统中，根目录用/（斜杠）符号表示。虽然根目录通常称为/，但目录条目本身没有名称，它的名称是初始目录分隔符（/）之前的“空”部分。所有文件系统条目（包括已挂载的文件系统）都是此根的“分支”。

在DOS、OS/2和Microsoft Windows下，每个分区都有一个驱动器号分配（比如C分区被标记为C:\），并且上面没有公共根目录。 DOS、OS/2和Windows确实支持更抽象的层次结构，其中分区可以挂载在另一个驱动器的目录中，尽管这个功能平时很少使用。这可以在DOS中就可以通过JOIN命令实现，该命令很早就被添加到DOS中，也可以在所有Windows版本中使用。在某些情况下，也可以引用包含所有已安装驱动器的根目录，但它不能直接包含文件，因为它在任何文件系统上都不存在。

在类unix操作系统中，每个进程都有自己的根目录。对于大多数进程，这与系统的实际根目录相同，但可以通过调用chroot系统命令调用来更改它。这通常用于创建隔离环境以运行需要传统库的软件，有时还可以简化软件安装和调试。 Chroot并不意味着用于增强安全性，因为内部的进程可以透过第二次chroot来获得足够权限，逃出chroot的限制。FreeBSD提供了一个更强大的jail()系统调用，它支持操作系统层虚拟化，并且还用于安全目的，以限制进程可以访问文件系统层次结构的一个子集的文件。

需要注意的是，由于现今U盘病毒盛行，进入U盘的根目录最好不要双击，而建议用鼠标右键单击U盘图标，然后选择“打开”进入根目录，或从地址栏选取U盘的地址打开。这样可以避免激活可能存在于U盘根目录中的自动运行病毒。