光绪二十五年在广州书坊街正式设馆，挂牌行医，实行“富者多取而不伤，贫者减免而受惠”的宗旨，门诊只收诊金二毫钱。因医术精通，每日求诊者逾百。时两广总督
谭钟麟患失眠症，屡医不愈，陈以大剂量桂枝汤使谭服后病愈，一时名声大噪。
光绪三十一年间，两广总督
岑春煊的母亲和儿子病重，均得陈施医治愈。是年冬，岑创办两广陆军军医学堂（后称广东陆军军医学堂），礼聘陈任中医总教习、中医主任。不久，又兼任广州中医夜校学馆主任，学员45人。他日间应诊，晚间授
伤寒课，有时还到广东中医药专门学校讲课。当时，他与正果和尚、
赵鹤琴齐名，是
广州市三位有名望的中医师之一。
1924年，他携眷赴
香港特别行政区定居，在中环文咸东街租铺设“陈伯坛寓”，挂牌行医。诊金收
港元一元，出诊增加十倍。其行医宗旨有所改变，但依然门庭若市，求医者众多。他在业医之余，撰文著述，辛勤不息。他深得
张仲景的伤寒论要旨，旁及各家；且不固守旧说，着意创新，以精、警、整、醒四字为运行医术的方法（即：精通三阴三阳、五运六气；警觉那些有误的，对医书不生搬硬套；整理有层次，或从表面入里，或由里而发外；醒神清脑，随机应变）；对医理坚持“四不”（不剥削、不阿附、不随便敷衍、不拾人唾余），对前人注释张仲景《
伤寒论》和《
金匮玉函要略方》绝不盲从附和，悉心探索，创新医理；对传统中医的规例有所突破。特别是使用大剂量，对病人大胆对症下药，其用药剂量多至一剂有三四斤（1500-2000克），故被称为“陈大剂”，有
广东省四大名医之一和广东四大怪医之一的称誉。
陈伯坛晚年在
香港特别行政区一边行医，一边著书，还独资创办伯坛中医学校，参与授课。三四十年来，培育中医人材千百计，其中成为医界名流的有在港业医的
陈甘棠、陈遂初、陈仿周、陈柳一、陈鉴人、
陈子石、陈习之、陈瑞甫等；在广州业医的有程祖培、钟耀奎等；在江门业医的有赵景明、陈仲明等。