北京医科大学研究生院后来发展成
北京大学研究生院医学部分院，是我国1978年恢复研究生教育制度后，在全国高等院校中首先组建的研究生院之一，经国务院批准，于1985年1月25日正式成立。2000年北京大学和
北京大学医学部合并后，成为北京大学研究生院医学部分院，全面负责医学部的学位与研究生教育。
经过二十年的不懈努力，北京大学医学部的学位与研究生教育得到了飞速发展。截至目前，医学部有生物学、
基础医学、药学、公共卫生与预防医学、
口腔医学、科学技术史、
临床医学、中西医结合、公共管理等现有9个一级学科博士、硕士授权点，50个二级博士学位授权点和59个二级学科硕士学位授权点，6个博士后流动站。其中基础医学学科在2002-2004年国务院学位委员会、
教育部学位与研究生教育发展中心组织的全国研究生教育学科（一级学科）评估中名列第一，临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学排名第二，药学排名第三。
目前医学部在岗的硕士研究生指导教师573人，博士研究生导师320人。近年来，研究生院医学部分院实施了一系列改革措施以促进研究生创新意识的培养，研究生在发表学术论文的质量和数量、出席学术会议等方面都有显著增加。据不完全统计，2003-2007年在医学部所有SCI收录文章中，研究生作为第一完成人所占的比例达50%以上。先后有12篇博士研究生论文获全国优秀博士论文奖。
北医研究生教育坚持把德育放在首位，坚持“三个面向”，坚持德智体全发展，不断提高研究生的全面素质。积极组织研究生社会实践和社团工作，研究生会组织的“北京大学
生物医学论坛”和学术文化节已经成为具有品牌效应的学生活动。
北京大学研究生院医学部分院还承担
中国学位与研究生教育学会医药科工作委员会秘书处和全国医学专业学位教育指导委员会秘书处的工作。每年组织全国有关医学院校进行医学学位与研究生教育经验交流及教育研究工作，努力推动医学学位与研究生教育的蓬勃发展。