扬州科技馆由南京大学建筑规划设计研究院规划设计。预计总投资8亿元，总共8层，分地上6层，地下2层，总建筑面积110800平方米。其中分为公共展示和市民服务两大部分。在公共展示区域，共有4大主题场馆，分别为占地11800平方米的科技馆、13000平方米的城市规划馆、2300平方米的动物标本馆以及2600平方米的安全教育中国2010年上海世博会主题馆。在市民服务区域，则有青少年及妇女儿童活动中心、市民服务中心。

扬州市科技馆选址扬州市城庆广场南侧、高家河北侧，初步定于2013年9月开工，2015年投入使用，建成后将成为扬州建城2500周年城庆广场的主体标志性建筑。

科技馆由四座“塔楼”构成，设计融合了强烈的地域特色，内部设计取义“竹石意境”，取材古朴却现代感强烈。顶部设计的灵感来源于平山堂的鉴真纪念堂，取义“城庆华盖”，然而外观的设计灵感来源于扬州的假山俏石，取义“叠石巧匠”。扬州科技馆的总体由四个部分组成，既彼此相连又相对独立。