1998年12月，为适应工程硕士研究生教育发展的需要，国务院学位委员会和教育部决定成立全国工程硕士专业学位教育指导委员会。教育指导委员会是国务院学位委员会和教育部领导下的全国工程硕士专业学位教育的专家指导和咨询组织。其主要职责是：指导、协调全国工程硕士教育活动，监督工程硕士教育质量，推动工程硕士教育与企业工程技术和工程管理人员队伍建设的联系与协作，指导开展工程硕士教育方面的国际交流与合作，促进我国工程硕士专业学位教育的不断完善和发展。
继第一、二届教育指导委员会后，2009年1月成立了第三届教育指导委员会，委员33名，国务院学位委员会委员、中国科学院院士、现任
清华大学校长
顾秉林教授任主任委员。教育指导委员会秘书处挂靠在清华大学。
教育指导委员会通过调查研究、实地考察、咨询指导等方式，积极发挥专家作用，为推进工程硕士研究生教育全面、可持续性发展献计献策。实践证明，教育指导委员会成立不仅对我国工程硕士研究生教育事业的发展产生了重大影响，而且对工程硕士研究生教育质量的提高发挥了重要的保障作用，标志着工程硕士研究生教育进入了新的发展阶段。
全国工程硕士专业学位教育指导委员会成立暨第一次全体会议于 1999年1月13日在
清华大学召开。国务院学位委员会副主任委员、国家教育部副部长
周远清同志到会讲话并为各位委员颁发了聘书。国务院学位委员会办公室主任、国家教育部研究生工作办公室主任
赵沁平同志主持开幕式并就指导委员会今后的工作作了讲话。周远清同志在讲话中回顾了二十年来我国工科研究生教育所取得的巨大成绩，指出了在新的发展形势下工科学位与研究生教育工作所面临的挑战，阐明了设置工程硕士专业学位、培养工程硕士和成立全国工程硕士专业学位教育指导委员会的重要意义，以及开展工程硕士专业学位教育应该注意的主要问题。他指出，虽然我国工科研究生教育为我国高等教育和科学研究工作的持续发展培养和输送了一大批高层次专门人才，但长期以来，为工矿企业和工程建设等单位培养研究生的工作不能取得长足进展，其主要原因在于：在既有的工学学位授予和评价模式下，不利于突出工程类型研究生培养的目标要求；授予统一的工学学位，缺乏与职业资格的明确联系，不利于形成面向企业的从业导向作用；以脱产进校为主的学习方式，使企业难以选送安心于企业工作的技术骨干攻读学位；学校基本上按照与培养学术
研究型人才相适应的模式进行招生和培养，忽视了企业工程技术人员的特点，不能适应企业对高级工程技术人才知识结构和能力的要求。
设置工程硕士专业学位和培养工程硕士，在制度建设上，丰富了学位类型；在培养环节上，要求课程设置、教学要求和学位论文选题紧密结合企业需求，使企业能够根据自己的产品发展规划和技术现状，培养急需的和储备的工程技术人员和工程管理人员；在办学模式上，实现校企紧密型合作，将人才培养与解决企业技术问题结合起来，发挥了研究生教育教学、科研的双重优势，使产学研结合真正落到实处。
赵沁平同志在讲话中强调，工程硕士专业学位教育指导委员会今后开展工作时要注意做到：把握好一个标准，即要确立一个合适的培养目标和评价指标；防止两种倾向，即既要防止降低质量要求又要避免回到培养学术型研究生的老路上去，要注意工程硕士的工程性、实践性和应用性；处理好三种关系，一是在培养特点和要求方面处理好工程硕士与工学硕士之间的关系，二是处理好校内培养和校外培养的关系，三是处理好课程学习和工程实践的关系。
来自高等高校、企业的委员们就如何开展好工程硕士专业学位教育工作充分发表了意见。主任委员
王大中同志在发言中强调了工程硕士专业学位教育的特殊性。副主任委员郭廉高同志介绍了
宝钢09CrCuSb质保书真伪验证培养工程类型研究生的经验和企业对工程硕士专业学位研究生的要求。委员们讨论、修改并一致通过了《全国工程硕士专业学位教育指导委员会章程》。讨论、修改并一致通过了《关于制订在职攻读工程硕士专业学位研究生培养方案的指导意见》。关于1999年指导委员会的主要工作，委员们认为，应主要开展以下几项：(一)在调查研究的基础上，召开工程硕士专业学位工作研讨会，总结和交流工程硕士专业学位教育的经验，研讨质量保证措施；(二)制订关于在职攻读工程硕士专业学位研究生培养方案的指导意见，使培养工作更加规范化；(三)制订国家计划内攻读工程硕士专业学位研究生培养方案的指导意见，逐步开展应届本科毕业生攻读工程硕士专业学位的工作；(四)筹备组织编写外语和数学两门在职攻读工程硕士专业学位入学考试联考科目的考试大纲和指南；(五)组织编写工程硕士专业学位的部分课程的教学大纲，初步确定的课程包括：英语课程、数学类课程、经济和管理类课程、计算机应用类课程；(六)研究工程硕士学位论文(设计)的具体提交形式及评价标准。(七)等措全国工程硕士专业学位教育指导委员会组织开展有关工作所需的经费。(八)建立、完善指导委员会秘书处的工作机构和工作制度。关于指导
委员会组织开展有关工作所必需的经费，委员们建议先从工程硕士培养单位筹集并汇集使用，即采用交纳会费的形式，由各工程硕士培养单位每年根据本单位录取
工程硕士生数，按不同量级交纳会费。具体办法由指导委员会秘书处提出报主任委员同意后实行。