南京地调中心成立于1962年5月，成立之初名为“地质部华东地质科学研究所”。1978年4月，更名为“国家地质总局南京地质矿产研究所”。1979年11月，更名为“地质部南京地质矿产研究所”。1983年1月，更名为“地质矿产部南京地质矿产研究所”。1999年，划归中国地质调查局管辖。2000年11月，更名为“南京地质矿产研究所”。2003年10月，在南京地质矿产研究所改组的基础上成立“中国地质调查局南京地质调查中心”。2006年12月，经中央编办批复，同意南京地质矿产研究所更名为“中国地质调查局南京地质调查中心”，加挂“南京地质矿产研究所”牌子。2017年5月，经中央编办批复，同意“中国地质调查局南京地质调查中心”加挂的“南京地质矿产研究所”调整为“华东地质科技创新中心”。
主办的《
华东地质》刊物已被中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）、中国学术期刊网络出版总库、中国核心期刊（遴选）数据库、中文科技期刊数据库、超星期刊域出版平台、
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南京地调中心配置有重力、磁法、电法、地震、测井、GPS、GIS、北斗系统、实验测试、办公和资料管理等方面的设备及其相辅助设备、软件，具有承担自然资源调查与监测、国土空间规划编制、区域地质调查、矿产地质调查、能源地质调查、水资源与水文地质调查、流域环境演化调查、灾害地质调查、城市地质调查、海岸带及第四纪地质调查、
地球物理学勘查、
地球化学勘查、
遥感地质调查、地质仪器研发、
信息技术、数据库建设、实验测试等方面工作的能力，持有地质灾害危险性评估乙级资质证书及
国家认证认可监督管理委员会颁发的检验检测机构资质认定证书（国家级）。
南京地调中心自成立以来，共承担地质调查及科研项目560余项，提交各类地调科技成果460余项，出版成果专著125部，获国家、部、省级等各类成果奖208项。获得
江苏省文明单位、江苏省五一劳动奖状、江苏省“工人先锋号”等一系列荣誉称号。