荧光染料是指吸收某一波长的光波后能发射出另一波长大于吸收光的光波的物质。它们大多是含有苯环或杂环化合物并带有共轭双键的化合物。荧光染料可以单独使用，也可以组合成复合荧光染料使用。

荧光染料:能发出荧光的染料。

在吸收紫外线或可见光后，能把短波长的光转变为波长较长的可见光波而反射出来，呈闪亮的鲜艳色彩。例如，酸性曙红、荧光黄、红汞以及某些分散染料等。

复合荧光染料是利用荧光共振能量转移技术合成的荧光染料，由距离非常近、能量可以在彼此间传递的一个供体及一个受体荧光物分子所组成。复合染料在受体分子的激发波长被激发，在供体分子的发射波长发射一个光子。荧光染料发展非常迅速，已开发的用于科研和临床应用的荧光染料已基本覆盖了由紫外到可见光及红外的整个光谱范围。

荧光染料常用于荧光染料产品的制备，以及增白洗衣粉中的增白剂，指示信号用的各种荧光路标漆，荧光标志服等。

荧光染料的其他用途包括: 渗漏污水系统包括水和工业的污染物、连接系统、测量发电厂排出的液体、洗手间的渗漏、非法的连接污水管监察，研究流量和绘图，分析腐败的系统，此外还用于纤维织物印染和某些特种标志（如暗处符号）及军事追踪等。

荧光染料，由于灵敏度高，操作方便，逐渐取代了放射性同位素作为检测标记，其广泛应用于荧光免疫，荧光探针，细胞染色等。包括特异性的脱氧核糖核酸染色，用于染色体分析、细胞周期、细胞凋亡等相关研究。另有很多核酸染料在多色染色系统中是非常有用的复染剂，可作为背景对照，标记细胞核使细胞内结构的空间关系一目了然。

荧光标记的单克隆抗体技术为流式细胞仪在研究细胞膜和细胞内各种功能性抗原、肿瘤基因蛋白等领域扩展了无限的应用空间。荧光探针可以通过蛋白质交联剂共价结合在单克隆抗体上。免疫荧光标记最常用的染料有异硫酸荧光素(fluorescein 异硫氰酸酯, FITC)、藻红蛋白（PE）以及AlexaFluor系列染料等。

核酸荧光染料对细胞核染色后定量测量细胞所发出的荧光强度，就可以确定细胞核中脱氧核糖核酸、核糖核酸的含量，并可以对细胞周期和细胞的增殖状况进行分析。有多种荧光染料可以对细胞中的DNA或RNA染色，常用的DNA染料包括碘化丙(PI)、DAPI、hoechst 33342等，RNA染料有噻唑橙、吖啶橙等。