三好吉房于1522年在
尾张国出生。他的姓氏和出身有多种说法，但具体情况已无法考证。他自称是
大和国的三轮氏一族，但也有说法认为他是没有姓氏的贫民、大工、锻冶工等出身。
三好吉房娶了木下藤吉郎（后来的丰臣秀吉）的姐姐木下智（当时名为“とも”，后
出家，称日秀尼）为妻，他们的子嗣包括丰臣秀次、秀胜、秀保。他的妹妹是三好一族的大岛亲崇的妻室。
三好吉房在秀次成为大名时，也成为尾张犬山城城主。他曾在秀次不在时代行统治，但其能力并不被高度评价。他的所有儿子都在他之前去世，他本人在1595年因秀次得罪秀吉而被流放岐。在秀吉死后，他被赦免并返回京都。